公共数据库NCBI下载转录组数据

于 2024-08-20 16:50:02 发布
阅读量3k 收藏 8
点赞数 3
分类专栏： 分析 数据下载 文章标签： linux
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/hgz2020/article/details/141361705
版权

首先从NCBI 官网登入

点击Taxonomy ---Databases Taxonomy

输入自己需要查询物种的拉丁名：例如 Oryza rufipogon

选择GEO Datasets(59) 或者选择下载SRA 原始的数据

最低0.47元/天 解锁文章
生信技能65 - SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分
LittleComputerRobot的博客
12-12 514
SRA数据库公共数据自动化下载及SRA批量自动化拆分
有参转录组分析流程
BioinfoDu
12-05 1580
它提供了一套模块化的分析，你可以用它来快速了解你的数据是否有任何问题，在做任何进一步的分析之前，你应该注意到这些问题。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!公共数据库的下载，可直接在NCBI中下载，或是使用自己测的数据即可。，点击“search"后即可看到以下的界面，其中”Geneome"就是作物的基因组数据，点击进去。(注：在NCBI中下载的基因组不一定是最新的版本，迫不得已尽量不要在这里下载)，此流程的操作依旧是非常简单的。
转录组数据下载
wangprince2017
01-30 1822
从NCBI批量下载数据
qq_50637636的博客
03-13 3498
NCBI下载文献中提到的数据时，都会遇到数据较多，下载较慢的问题，本文提供了一个shell脚本可以批量化下载数据，提高工作效率。比如说，有一个Project号为PRJNA229998，GEO号为GSE52778的项目（转录组数据既有Project号也有GEO号，两者对应的同一个项目），该项目测了哮喘病人服用两种药后气道平滑肌的转录组，网址为，我想要下载服用Alb这种药和对照组为服药的转录组数据，大体分为三步走，一是拿到SRA号，二是筛选想要的SRA号，三是下载。
用项目号在NCBI中下载项目数据
m0_58709662的博客
02-22 886
处理SRA文件命令：sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --gzip --split-files *.sra。下载命令：sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRRXXXXXXXX。下载结果：SRRXXXXXXXX.sra。点进去查找一个SRR开头的编码。搜索结果为该项目下的所有数据。安装SRAToolkit工具。
NCBI 数据下载
最新发布
小猪打呼噜
04-12 1480
网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。1 、 确定要下载的 SRA 编号；
NCBI数据下载-sra
gaomeihong1993的博客
08-01 792
NIBI数据下载-sraNCBI数据下载步骤进入NCBI选择需要的数据选择需要的数据查看数据相信信息点击数据连链接，进入下载页面下载并安装SRA Toolkit NCBI数据下载步骤 NCBI具有强大的功能，今天就sra数据下载为例进行简单的介绍 进入NCBI 百度NCBI官网，点击进入，或者直接搜索链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 选择需要的数据 如下图所示，这里...
NCBI原始数据下载by Aspera Connect
dengleize6745的博客
08-31 368
主要参考这篇文章： http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS，...
公共数据库挖掘第一步-GEO数据库下载表达谱数据和生存数据
庐州月光的博客
04-01 1万+
欢迎关注”生信修炼手册”!在NAD+代谢相关基因的文章中，针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘，本文就以这两批GEO数据为例，来详细展示原始数据的下载过程公共数据库的数据挖掘有多种模式，每种模式需要的原始数据也不尽相同。所以，首先我们要明确目标，对于这个基因建模而言，我们需要以下两种数据1. 基因表达谱2. 患者的生存数据明确目标之后，我们就可以针对的来...
转录组多样性探索：NCBI EST数据库深度解析
本文首先介绍了转录组学的基础知识和NCBI EST数据库的发展历程、结构及其功能特点。随后，文章深入探讨了EST数据的生物信息学分析方法，包括数据预处理、质量控制、序列比对与功能注释、表达分析与多样性评估。转录...
2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载
L_yivs的博客
06-15 2571
2018-6-1转录组学习1 文献阅读与数据下载 1.文献阅读 本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE8191...
生信项目之NCBI下载数据集详解
weixin_44540733的博客
03-10 8890
NCBI（National Center for Biotechnology Information）的中文名称是美国生物信息技术中心，该网站是美国医学图书馆（NLM）的一部分。该网站提供了下载数据集、上传数据集、在线分析数据集以及提供了部分生物信息学工具如（BLAST：一款序列比对工具）等功能。本文主要介绍如何在NCBI上下载数据集。这三种方法是目前比较常用的下载数据集的方法，当然还用其他很多下载数据集的方法，具体的下载数据集的方法要按照该生信项目的需求进行下载。
转录组实战01: 从数据下载到定量fastp+STAR
weixin_44493991的博客
02-11 1762
生信交流与合作请关注公众号@生信探索 01.建立工作目录 cd ~mkdir -p Project/Human_16_Asthma_Bulkcd Project/Human_16_Asthma_Bulk# 建立数据存放目录 datamkdir -p data/rawdata  data/cleandata/fastp# 建立STAR目录mkdir STAR 02. 环境准备 microma
新版TCGA数据转录组表达数据下载及整理（R语言）
热门推荐
weixin_52486108的博客
04-05 1万+
新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
NCBI上测序数据的下载
weixin_55372631的博客
05-12 1491
在生信分析中，由于论文中提供的数据有限，很多时候需要自己下载论文中的测序数据重新进行分析，从而得到自己想要的数据。而论文中的作者往往会把测序数据上传到NCBI中。因此学会如何从NCBI下载测序数据非常重要。
NCBI数据下载的几种方法
ma1239631998的博客
01-09 1万+
批量下载Genbank中的数据
NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
bioyigene的博客
10-17 3175
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
从NCBI测序数据下载，相关软件安装，到FastQC使用
weixin_58071895的博客
06-12 1102
【测序入门】从NCBI测序数据下载，相关软件安装，到FastQC使用
从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据
生信学习
03-20 1万+
事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值