公共数据库NCBI下载转录组数据

首先从NCBI 官网登入

点击Taxonomy ---Databases Taxonomy

输入自己需要查询物种的拉丁名：例如 Oryza rufipogon

选择GEO Datasets(59) 或者选择下载SRA 原始的数据

选择下载这组Transcriptome analysis of salt stress responsiveness in the seedlings of Dongxiang wild rice (Oryza rufipogon Griff.) 的转录组数据

 

 

解压此压缩包，GSM1888197_zhouyi25_LCK_results文件是记录 LCK 样品中所有的基因的表达情况---RPKM

 

点击SRA,下载其处理后测的转录组数据，优点是利用原始的转录组数据跟自己基因组数据进行比对---定量---获得基因差异表达矩阵（特别是碰到转录组的ID和自己基因家族的ID完全不一致的情况）

当输入Fagopyrum tataricum ，去下载苦荞物种的转录组数据发现已经公布了基因定量的结果---GSE111937_fpkm.txt.gz （关键是看是否基因ID和自己使用的基因组版本的ID是否一致）