1:将下机数据与参考基因组进行比对和变异检测
2:生成全基因组水平的一致性序列
参考链接:https://samtools.github.io/bcftools/howtos/consensus-sequence.html
cat reference.fa | bcftools consensus calls.vcf.gz > consensus.fa
3:构建基因组水平的进化树
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/help/HowTo/#sequence_clustering_and_phylogenetic_analysis
变异检测:Snippy
多重序列:MAFF
构建进化树:pplacer/iqtree/FastTree/RAxML/Gubbins
进化树可视化:Figtree