fastp 开源项目使用教程

fastp 开源项目使用教程

fastpAn ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/fastp

1. 项目的目录结构及介绍

fastp 是一个用于 FASTQ 文件预处理的工具，其 GitHub 仓库的目录结构如下：

fastp/
├── autogen.sh
├── configure.ac
├── COPYING
├── docs/
├── fastp.cpp
├── fastp.h
├── INSTALL
├── Makefile.am
├── NEWS
├── README.md
├── scripts/
├── src/
└── tests/

• autogen.sh: 用于生成配置脚本。
• configure.ac: 配置文件，用于生成 configure 脚本。
• COPYING: 许可证文件，包含 MIT 许可证内容。
• docs/: 文档目录，包含项目的相关文档。
• fastp.cpp 和 fastp.h: 项目的主要源代码文件。
• INSTALL: 安装指南。
• Makefile.am: 用于生成 Makefile。
• NEWS: 项目更新日志。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• scripts/: 包含一些辅助脚本。
• src/: 源代码目录，包含项目的核心代码。
• tests/: 测试目录，包含项目的测试用例。

2. 项目的启动文件介绍

fastp 项目的启动文件是 fastp.cpp，它是项目的主要源代码文件。该文件包含了 fastp 工具的核心功能实现，包括数据处理、质量控制、适配器修剪、过滤和分割等。

3. 项目的配置文件介绍

fastp 项目没有传统的配置文件，其配置主要通过命令行参数进行。以下是一些常用的命令行参数：

• -i: 输入文件路径（单端数据）。
• -I: 输入文件路径（双端数据，第二端）。
• -o: 输出文件路径（单端数据）。
• -O: 输出文件路径（双端数据，第二端）。
• -h: 指定 HTML 报告文件名。
• -j: 指定 JSON 报告文件名。
• -w: 指定工作线程数。
• -s: 分割输出文件。

例如，运行 fastp 进行单端数据处理的命令如下：

fastp -i input.fq -o output.fq

对于双端数据，命令如下：

fastp -i input_R1.fq.gz -I input_R2.fq.gz -o output_R1.fq.gz -O output_R2.fq.gz

通过这些命令行参数，用户可以灵活地配置 fastp 的行为。

fastpAn ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/fastp