fastp 开源项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
fastp 是一个用于 FASTQ 文件预处理的工具,其 GitHub 仓库的目录结构如下:
fastp/
├── autogen.sh
├── configure.ac
├── COPYING
├── docs/
├── fastp.cpp
├── fastp.h
├── INSTALL
├── Makefile.am
├── NEWS
├── README.md
├── scripts/
├── src/
└── tests/
- autogen.sh: 用于生成配置脚本。
- configure.ac: 配置文件,用于生成 configure 脚本。
- COPYING: 许可证文件,包含 MIT 许可证内容。
- docs/: 文档目录,包含项目的相关文档。
- fastp.cpp 和 fastp.h: 项目的主要源代码文件。
- INSTALL: 安装指南。
- Makefile.am: 用于生成 Makefile。
- NEWS: 项目更新日志。
- README.md: 项目介绍和使用说明。
- scripts/: 包含一些辅助脚本。
- src/: 源代码目录,包含项目的核心代码。
- tests/: 测试目录,包含项目的测试用例。
2. 项目的启动文件介绍
fastp 项目的启动文件是 fastp.cpp
,它是项目的主要源代码文件。该文件包含了 fastp 工具的核心功能实现,包括数据处理、质量控制、适配器修剪、过滤和分割等。
3. 项目的配置文件介绍
fastp 项目没有传统的配置文件,其配置主要通过命令行参数进行。以下是一些常用的命令行参数:
- -i: 输入文件路径(单端数据)。
- -I: 输入文件路径(双端数据,第二端)。
- -o: 输出文件路径(单端数据)。
- -O: 输出文件路径(双端数据,第二端)。
- -h: 指定 HTML 报告文件名。
- -j: 指定 JSON 报告文件名。
- -w: 指定工作线程数。
- -s: 分割输出文件。
例如,运行 fastp 进行单端数据处理的命令如下:
fastp -i input.fq -o output.fq
对于双端数据,命令如下:
fastp -i input_R1.fq.gz -I input_R2.fq.gz -o output_R1.fq.gz -O output_R2.fq.gz
通过这些命令行参数,用户可以灵活地配置 fastp 的行为。