2021.01.07丨使用fastp统计样品质量结果

最新推荐文章于 2024-08-08 07:42:16 发布
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分类专栏： 心得 RNA-seq 生物信息
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RNA-seq
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  • 各位小伙伴在对测序样品进行质控的时候，首选基本上都是fastQC，他能能够生成许多图片直观地展示质控结果。
  • 然而，当我们有多个样品，希望对其结果以表格形式进行展示的时候，fastQC能提供的信息就比较少了，比如GC含量精确到小数点，或者Q30等等
    • fastQC能统计到的基本信息
    • 我们希望得到的统计结果
  • 那么如何能够批量统计到更详细的质控信息呢？fastp工具和这篇文章脚本的必要性就产生了，它可以统计测序数据较多的信息并以.json形式进行展示。
    • 我们用Editplus打开fastp.json文件，可以看到fastp对测序数据有详细的统计情况
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穆易青
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2021.01.25丨conda环境配置
01-25 576
最近新换了服务器，需要重新搭建工作环境，在此整理记录一下环境搭建步骤 安装miniconda 下载地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 以Miniconda3 Linux 64-bit为例 sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 一路空格、yes。注意，安装接近完成后会问你是否开机默认进入conda/base环境，这个根据个人喜好，我是习惯了base环境，所以我选择的ye.
根据fastp结果json批量提取质控后的claean reads/Q30/GC content
Let's drink together
03-27 402
【代码】根据fastp结果json批量提取质控后的claean reads/Q30/GC content。
生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读
twocanis的博客
11-13 2万+
文章目录前言raw data 和 fastq文件readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastp reportsummaryAdapterInsert size estimationBefore filtering 前言 测序出来的数据利用fastp一个命令质控全搞定，无论是SE还是PE，同时会生成.json和.html格式的报告，十分直观方便，如何生成报告可查看 Linux下fastp的使用 ，下面记录一下如何理解这份报告。 在这之前先整理几个概念： raw d
fastp 工具指南
最新发布
gitblog_00773的博客
08-08 673
fastp 工具指南 fastpAn ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor (QC/adapters/trimming/filtering/splitting/merging...)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/fa/fastp 1. 项目介绍 fastp 是一个高效的 FASTQ 数据预处理工具，它提供了质量...
病原微生物扩增子数据分析实战（二）：fastp软件进行质量控制
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
09-05 1558
接上一篇，数据拆分完成后，得到 FASTQ 文件，下面对数据进行质控。当前主流测序平台的数据存储格式无外乎两种，FASTQ（Illumina, MGI），BAM（Life Ion Tor...
fastp处理数据
weixin_30763397的博客
01-19 1139
参考：https://mp.weixin.qq.com/s/yBsUwsMSexxzt2erL_y21g 1. 安装 下载地址http://opengene.org/fastp/fastp 使用 chmod a+x ./fastp 增加该文件的可执行权限，然后就可以使用了。 $ chmod 777 ./fastp 也可以从源代码进行编译，下载地址 https://github.com...
Fastp对fastq质控
qq_27390023的博客
09-30 1198
1. 基本命令 fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz # 单端测序 fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz # 双端测序 注： -a, --adapter_sequence the adapter for read1. For SE data, if not specified, the adapter will be auto-detect...
fastp--QC质控参数
qq_42962326的博客
09-18 5433
Fastp filter out bad reads (too low quality, too short, or too many N…) 对每一个序列的头部或尾部,计算滑动窗内的质量均值，并将均值较低的子序列进行切除 trim all reads in front and tail 对所有reads 头部和尾部进行裁剪 cut adapters. Adapter sequence...
fastp安装及使用-fastp v0.23.4（bioinfomatics tools-002）
weixin_44874487的博客
02-22 6099
下一代测序技术产生大量的测序数据，可以用于不同的生物学处理流程如基因组、转录组分析等。但是，不同的流程都需要通过质量控制（Quality Control, QC）以获得高质量、纯净的测序数据，从而使后续处理流程得到的结果更加可靠。--fastp
2021.3.20丨Cutadapt数据统计脚本
03-20 543
摘要 在使用sRNAnalyzer分析miRNA时，会调用到Cutadapt进行去接口。该过程的结果也将通过报告被记录下来。然而，报告作为单个样品的结果统计，没有对所有样品进行汇总，不方便客户统计查看。因此，我写了一个简单的统计脚本，用于抓取Cutadapt结果报告里的基本信息。 需要获取的基本信息 材料与方法 python版本：Python 3.8.5 使用代码 import re import os newfile_name = 'Cutadapt_stat.tx
fastp:超快速的多合一FASTQ预处理器（QCadapters整理过滤分离拆分合并...）
04-27
快 一种工具，旨在为FastQ文件提供快速的多合一预处理。 该工具是用C ++开发的，支持多线程以提供高性能。 来自STDIN的输入 存储未配对的PE数据读取 存储使过滤器失败的读取 仅处理部分数据 不要覆盖现有文件 将输出拆分为多个文件以进行并行处理 合并PE读取 过滤 质量过滤器 长度过滤器 低复杂度滤波器 其他过滤器 适配器 每次阅读按质量得分进行切割 PE数据的基础校正 整体修剪 polyG尾部修剪 polyX尾部修剪 唯一分子识别码（UMI）处理UMI示例 输出分割 通过限制文件数量进行分割 通过限制每个文件的行来拆分 过度代表序列分析 合并配对末端读取 所有选项 引文 特征 过滤数据前后的全面质量分析（质量曲线，基本含量，KMER，Q20 / Q30，GC比率，重复，衔接子含量...） 过滤掉错误的读数（质量太低，太短或太多N ...） 通过评估滑动窗口的平均质量（例如
使用fastp对NGS数据进行质量过滤
庐州月光的博客
09-04 4731
欢迎关注”生信修炼手册”!fastp是最近新出的一款NGS数据质量过滤工具，相比传统的QC工具，有两个主要特点，第一个就是运行速度快，第二个就是提供了质控前后数据详细统计结果。githu...
fastp分析数据
ykudingcha的博客
08-21 883
fastp -i SUC1_1_1.fq.gz -I SUC1_1_2.fq.gz -o SUC1_1_1.fq.gz -O SUC1_1_2.fq.gz #用fastp分析数据。cp -rp /home/zach/R1.fq.gz /home/zach/clean_data #将gz格式的数据复制到clean_data中。mkdir clean_data #创建clean_data 的文件夹。rm -rf R1 #需要进入该目录下删除文件夹R1。ls #查看文件夹中的数据。
质控软件fastp常用参数说明
热门推荐
lillianqdzpw
07-04 3万+
1）fastp介绍 fastp文献 fastp下载 fastq文件处理工具，基于C 2）功能 多线程 去接头 碱基矫正 根据滑动窗口质量值剪切 切ployG/ployX尾巴 处理分子标签(UMI) 分割输出结果 duplicate率的评估 过表达序列分析 质控结果报告 ...
fastq质量值_FASTP | 极速全能的 FASTQ 预处理神器
weixin_39946029的博客
12-20 950
FASTQ 文件的质控和预处理对于为下游分析至关重要。一般来说，我们每个步骤都会用到不同的软件，比如先用 fasqtc 看看测序质控，再用 trimmomatic 进行质控，或用 cutadapt 去除接头等等。然而大多数软件都是基于高级编程语言(例如Python和Java)开发的，多线程的效率较低。同时，多次读取和加载数据也会导致预处理速度慢，I/O效率低下。在此背景下 FASTP 软...
FASTQ质控软件FASTP下载和运行
weixin_59759625的博客
04-20 3537
使用批量质控的方法：vim .sh创建文件夹 ，i-编辑；将质控命令复制进去，修改所在文件夹，我数据在不同文件夹需要自己修改。esc，shift+：，wq保存退出，sh fastp .sh即可。使用fastp 软件进行质控，chmod a+x fastp使其可运用./fastp；可使用系统默认质控参数。2,使用wget进行安装：wget http://opengene.org/fastp/fastp。1. 使用conda进行安装：conda install fastp。质控完成后显示数据。
fastp：测序数据质控
m0_53945548的博客
12-31 531
看看新版fastp好用不，bbduk的复杂程度还是稍微有点高。
15-有参转录组实战1-批量质控-fastp
11-25 501
8，等到html文件出来就行，这里大概用了15min，查看结果，有clean data，还有HTML的报告，报告解读主要看Q30>85%，它这个上传文件就是质控过的，所以质控前后的数据基本一致。#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程，在开启以下教程前，请务必看看我前面两个教程，Linux系统上安装R语言（#2，对文件重命名，回看NCBI，SRR22954651- SRR22954653是野生型，另外3个就是过表达了。#1，我们对上次下载的转录组进行实战分析，首先进行质量控制，使用fastp软件。
以上述的fastp文件为例教我使用OTU聚类算法
06-07
好的，首先需要明确一下，OTU聚类算法是将相似的序列聚合在一起，形成OTU (Operational Taxonomic Unit)，从而进行物种分类。在这里，我们将使用Usearch软件进行OTU聚类分析。 步骤如下： 1. 确定聚类阈值 在OTU聚类分析中，需要确定相似性的阈值。一般来说，聚类阈值在97%以上比较合适。因此，在这里我们将设定聚类阈值为97%。 2. 准备工作 安装Usearch软件，并将fastp处理后的reads保存为fasta格式。 3. 使用Usearch进行OTU聚类分析 在命令行中输入以下命令进行OTU聚类分析： ``` usearch -cluster_otus reads.fasta -otus otus.fasta -uparseout otus.txt -id 0.97 ``` 其中，reads.fasta为fastp处理后的reads，otus.fasta为输出文件，otus.txt为聚类结果，0.97为聚类阈值。 4. OTU数量统计 使用以下命令统计OTU数量： ``` grep ">" otus.fasta | wc -l ``` 其中，otus.fasta为聚类结果文件。 这样就完成了OTU聚类分析。需要注意的是，OTU数量的多少会受到聚类阈值的影响，因此需要根据实际情况进行调整。
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