4生物化学与分子生物学——氨基酸

4生物化学与分子生物学——氨基酸

引言

三种氨基酸

蛋白质氨基酸：蛋白质中常见的20种氨基酸，称为蛋白质氨基酸、基本氨基酸、标准氨基酸或编码氨基酸

稀有的蛋白质氨基酸：蛋白质组成中，除了上述20种常见氨基酸外，从少数蛋白质种还分离出一些稀有氨基酸，它们都是相应常见氨基酸的衍生物。如4-羟脯氨酸、5-羟赖氨酸等（都是基本氨基酸经过修饰过后形成的）

非蛋白质氨基酸：生物体内呈游离或结合态的氨基酸

蛋白质的水解

根据水解程度

• • • • • 完全水解→氨基酸混合物

• • • • • 不完全水解→大小不等的肽和氨基酸

根据水解方法

• • • • • 酸水解：水解出的多数氨基酸稳定，不会引起消旋作用； Trp（色氨酸）完全被破坏，羟基氨基酸（丝氨酸和苏氨酸）部分水解，Gln（谷氨酰胺）和Asn（天冬酰胺）的酰胺基被水解下来（成了谷氨酸和天冬氨酸）

• • • • • 碱水解：Trp稳定； 多数氨基酸被不同程度破坏，且产生消旋现象（碱水解后成D型；自然界中组成蛋白质的氨基酸都是L型，生物体内的糖一般是D型），Arg（精氨酸）脱氨

• • • • • 酶水解：不产生消旋作用，也不破坏氨基酸，但需多种酶协同作用； 不同的酶对于氨基酸的结构、酰胺键的结构有特殊要求，往往需要多种蛋白酶协同作用

氨基酸的通式

自然界中组成生物体的氨基酸大多是由L型存在，但是在细菌细胞壁的肽聚糖-两糖四肽串联而成中的肽中存在D型氨基酸

组成蛋白质的20（22）种氨基酸分类

按R基团化学结构分类

脂肪族AA（中性、含羟基或巯基、酸性、碱性）

杂环AA（His 组氨酸、Pro 脯氨酸）

芳香族AA（Phe 苯丙氨酸、Tyr 酪氨酸、Trp 色氨酸）

按R基团极性分类

非极性R基团AA-8种

极性R基团AA

• • • • • 不带电荷-7种

• • • • • 带电荷：正电荷-3种，负电荷-2种

按营养学分类

必需AA

• • • • • 人的必需氨基酸：Ile、Met、Val、Leu、Trp、Phe、Thr、Lys；Arg、His（半必需、人类婴儿时期合成能力弱，但成年后就能自由合成） ps：人的必须脂肪酸为多于1个不饱和键的脂肪酸

• • • • • 中文名：异亮氨酸、甲硫氨酸、缬氨酸、亮氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、苏氨酸、赖氨酸（速记：一加写两色本书来）

非必需AA

据氨基、羧基数分类

一氨基一羧基AA

二氨基一羧基AA（三种碱性氨基酸：Lys 赖氨酸、His 组氨酸、Arg 精氨酸）

一氨基二羧基AA（两种酸性氨基酸：Glu 谷氨酸、Asp 天冬氨酸）

20种氨基酸表格——记忆

精氨酸的-CN3H4结构称胍基（一种碱性的、易于水解的化学基团，可用于鉴定精氨酸）、组氨酸含有两个氨基，既属于碱性氨基酸，也属于杂环氨基酸（含咪唑基），其等电点接近7，在生物体内缓冲pH方面具有重要的作用

脯氨酸是一种很特殊的氨基酸（亚氨基酸），它的存在对于蛋白质的结构形成会有很多限制，系统命名法为：β-吡咯烷基-α-羧酸

酪氨酸（α-氨基-β-对羟基苯基丙酸）；色氨酸的β-C上的基团为一吲哚基（植物体内可经过代谢合成Growth promoting factor）

第21种基本氨基酸——硒代半胱氨酸（Sec）

已经证明（2010）存在于某些蛋白质如谷胱甘肽过氧化物酶中的硒代半胱氨酸是在翻译过程中由于密码子变义（通常情况下指导它合成的密码子是终止密码子，而不是半胱氨酸经过修饰而成的；目前发现，在人类基因组中，至少有25种蛋白质携带有硒代半胱氨酸：例如谷胱甘肽过氧化物酶）而引起的

这种氨基酸在真核生物等高等生物体内被普遍发现

第22种基本氨基酸——吡咯赖氨酸（Pyl）

赖氨酸的ε-C上连接了一个吡咯基团（吡咯基团上还连有一个R取代基：甲基、羟基、氨基） 与硒代半胱氨酸类似，正常情况下编码吡咯赖氨酸的密码子也是终止密码子，在密码子前后的核苷酸有特殊的二级结构的情况下此密码子会合成吡咯赖氨酸

在烷八叠球菌属的微生物的甲烷转甲基酶的活性中心发现

氨基酸的性质

氨基酸的物理性质

溶解性：绝大部分都易溶于水（有两种氨基酸较为特殊，一是酪氨酸，二是两个半胱氨酸相互之间通过二硫键形成的胱氨酸难溶于水），特别是稀酸稀碱溶液，不溶于乙醚、氯仿等有机溶剂；所有氨基酸都有极性（既有氨基也有羧基，所以大多易溶于水），所谓的“极性、非极性”是根据R基团的不同而言的

熔点：相比于其它的小分子有机化合物（如二丙胺、丙酮等）一般情况下是液体，氨基酸一般都是以晶体的形式存在，且熔点均大于200℃，这说明了氨基酸相互之间的结合力很强，是离子键（即氨基酸是以离子状态存在，而不是以中性分子存在）

氨基酸的酸碱性质

氨基酸的兼性离子形式

• • • • • 广义酸碱理论：提供质子的称作酸，接受质子的称作碱，同一种物质形成的酸与碱称作共轭酸碱对

等电点理论

• • • • • 将某种氨基酸放入盐酸的溶液中，使其全部质子化（这样，一氨基一羧基AA即可称为二元酸，二氨基一羧基或者二羧基一氨基等可称为三元酸） 然后再逐步地加羟基（碱），使其逐渐开始解离，首先是羧基上地氢开始解离，然后是氨基上的氢再解离 在某一状况下，溶液中的氨基酸既带正电荷又带负电荷，称其为兼性离子 当此溶液中静电荷为0时，氨基酸不带电，称此pH为氨基酸的等电点pI（isolectric point）

• • • • • 以甘氨酸为例，参考书《生物化学与分子生物学-第四版》—27页-弱酸的滴定曲线

• • • • • 实际上只要知道了氨基酸的两个解离常数，则此氨基酸的等电点就为氨基酸的两个解离常数对数的均数

• • • • • 对于复杂氨基酸（两氨基一羧基或者两羧基一氨基等的氨基酸）要严格按照等电点理论（在氨基酸溶液静电荷为0）来求其等电点，不可强推一氨基一羧基公式

• • • • • • 20种基本氨基酸中有两种带两个羧基（Asp D 天冬氨酸和 Glu E 谷氨酸），有三种带两个氨基（Lys K 赖氨酸、Arg R 精氨酸、His H组氨酸）

• • • • • 氨基酸的甲醛滴定

• • • • • • 由于氨基酸的等电点大多不在7附近（而是在12、13附近，所以没有合适的指示剂），因而其不能用标准的酸碱溶液去滴定 但可以通过改进后的方法滴定

• • • • • • 甲醛可降低氨基的碱性，相对增强了-NH3+的酸性解离，使pKa2从9移至7附近（以甘氨酸为例）

• • • • • 甘氨酸相比其最接近的有机酸—乙酸的酸性要强200多倍：是由于α-氨基的存在，当氨基带正电的时候，羧基解离带负电，这样形成的解离产物由于羧基氨基的相互作用而非常稳定，特别容易促使羧基的氢解离 相对的，甘氨酸相对于乙胺的碱性就会弱得多（羧基的存在加强了氨基的酸性）

氨基酸光学活性和光谱性质

旋光性：除甘氨酸外，所有天然α-氨基酸都有不对称碳原子，因此所有天然氨基酸都具有旋光性。（苏氨酸 Thr、异亮氨酸 Ile等AA还有第二个不对称C原子，有4种光学异构体）

紫外吸收光谱：20种基本氨基酸中：Trp色氨酸、Tyr酪氨酸和Phe 苯丙氨酸的R基团中含有苯环共轭双键系统，在紫外光区显示特征的吸收谱带，最大光吸收波长（Imax）分别为280、275和257nm

• • • • • 由于蛋白质中基本都含有这三种氨基酸，所以这常常也是蛋白质的特征光谱 我们也可以根据紫外光的强度测定蛋白质的含量 核酸的特征光谱是260nm

氨基酸的化学反应（代表性）

与α-氨基的反应

DNFB（FDNB）反应（2，4-2硝基氟苯、Sanger试剂）

• • • • • 英国科学家Sanger通过此反应于20世纪50年代测得牛胰岛素的一级结构（氨基酸的组成与排列）

PITC反应（苯异硫氰酸酯、Edman试剂）

茚三酮反应（α-羧基也参与的反应）：刑侦时检验指纹

荧光试剂反应（DNS-CI-丹磺酰氯）

α-羧基的反应

酯化反应

酰氯化反应

• • • • • 羧基活化时也能与氨基反应，所以氨基需要保护基团

α-氨基和α-羧基间的成肽键反应

R基团的反应

氨基酸混合物的分析分离（详细内容见书）

分配层析法的一般原理

分配柱层析

可以同检测器、记 录仪、馏分收集器、输 液泵构成层析系统。

纸层析

Rf主要与R基的极 性有关，溶剂的pH 可影响R基的极性 ， 氨基酸与滤纸的 吸 附作用也影响Rf 。

薄层层析

速度快，硅胶等 支持物可以使用 较强烈的显色方法。

离子交换层析

气液层析