本地blast

最新推荐文章于 2024-02-06 12:33:55 发布

Hakuna_mata_ta_

最新推荐文章于 2024-02-06 12:33:55 发布

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分类专栏：随手记文章标签： blast

本文链接：https://blog.csdn.net/hakuna_mata_ta_/article/details/108792865

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本文介绍了如何通过shell命令行入门，并详细阐述了执行本地BLAST搜索的步骤，包括相关文件的获取和操作代码的展示。

摘要由CSDN通过智能技术生成

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档

文章目录

前言
一、shell入门
二、blast使用步骤
总结

前言

一、shell入门

在这里插入图片描述

课程相关文件：
git clone https://github.com/edamame-course/edamame-data.git

二、blast使用步骤

代码如下：

# 创建本实验目录并进入
mkdir blast
cd blast
# 下载测试数据
curl -O ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/M_musculus/mRNA_Prot/mouse.1.protein.faa.gz
curl -O ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/M_musculus/mRNA_Prot/mouse.2.protein.faa.gz
curl -O ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/M_musculus/mRNA_Prot/mouse.3.protein.faa.gz
curl -O ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/D_rerio/mRNA_Prot/zebrafish.1.protein.faa.gz
# 查看下载结果
ls -l
# 解压
gunzip *.faa.gz
head mouse.1.protein.faa 
head -11 mouse.1.protein.faa > mm-first.fa

# 以1为例建数据库
makeblastdb -in zebrafish.1.protein.faa -dbtype prot
# 比对某条序列至数据库，结果至屏幕
blastp -query mm-first.fa -db zebrafish.1.protein.faa
# 比对某条序列至数据库，结果至文件
blastp -query mm-first.fa -db zebrafish.1.protein.faa -out mm-first.x.zebrafish.txt
less mm-first.x.zebrafish.txt

# 分析250条序列
head -500 mouse.1.protein.faa > mm-second.fa
blastp -query mm-second.fa -db zebrafish.1.protein.faa -out mm-second.x.zebrafish.txt
less mm-second.x.zebrafish.txt

# 输出表格结果