浅谈蛋白质-配体互作中氢键的“能“

来源公众号：计算机辅助药物设计 CADD

氢键对蛋白质-配体互作的影响

问题引入

在任何关于蛋白质—配体相互作用的讨论中，都会很自然地出现一个问题，那就是某个氢键对结合力的贡献究竟有多大。这个问题可通过找到只有一个氢键不同的两个蛋白质—配体复合物，比较其活性差异来回答。

举个例子

例如，将一个与配体形成氢键的氨基酸突变成不能形成氢键的另一个氨基酸，进而比较突变体与配体的活性差别。

Alan Fersht以酪氨酰—RNA合成酶与底物酪氨酰腺苷酸的复合物为体系做了很好的实验，如图1，蛋白质和配体之间形成多个氢键，如第34位酪氨酸的酚羟基与底物之间存在氢键，研究者制备了突变体Tyr34→Phe，其中酪氨酸被非极性的苯丙氨酸替代，并对底物与突变蛋白质的结合进行了测试，实验显示结合力降低了2 kJ/mol。

图1  酪氨酰—RNA合成酶与底物酪氨酰腺苷酸复合物之间形成了大量的分子间氢键。Tyr34换为Phe或Tyr169换为Phe都会使氢键丢失，导致结合力下降。

对其他突变体也进行了同样的研究，发现丢失一个中性氢键结合力会降低2～6 kJ/mol，带电荷的氢键作用更强，突变与底物中伯胺作用的Tyr169→Phe结合力下降15.6 kJ/mol。

深入解读

非达司他是一个高活性的醛糖还原酶抑制剂，其甲酰胺与Leu300酰胺上的NH形成氢键，如图2。

如果亮氨酸换为脯氨酸，由于脯氨酸没有自由的NH基团， 氢键就会丢失，这个变化使自由能减少7.8 kJ/mol，用量热计测量焓ΔH和熵—TΔS的分配情况，发现该氢键的丢失本质上主要是焓变。

相反，抑制剂索比尼尔没有甲酰胺，但它与野生型蛋白质和Leu300→Pro突变体的结合自由能几乎相等，这是因为它没有与Leu300上NH形成氢键的基团，蛋白质上丢失NH影响并不明显，这就解释了为什么结合自由能几乎不变的现象。

图2  非达司他4.1(左)甲酰胺与Leu300(蓝色)上NH形成氢键，亮氨酸替换为脯氨酸(红色)后氢键无法形成。索比尼尔4.2(右)中没有甲酰胺，亮氨酸突换成脯氨酸自由能ΔΔG几乎不变，但相比脯氨酸突变体(红色)，索比尼尔结合野生型蛋白质(亮氨酸，蓝色)对焓更有利，对熵更不利。

尽管如此，索比尼尔与野生型蛋白质和突变体结合本质上并不相同。晶体结构显示，索比尼尔的醚基与Leu300上NH之间通过一个水分子介导形成氢键， 获得5kJ/mol焓变，但同时得到水分子对熵不利，大约损失6kJ/mol，刚好补偿了焓增效应，总的ΔG几乎没有变化。由于没有 NH基团，脯氨酸突变体不能与索比尼尔形成水介导的作用，因此没有从氢键获得焓，也没有抓住水分子引起熵损失。

总结一下

目前有大量蛋白质—配体复合物的三维结构已被解析，其中很多复合物都含有分子间氢键，氢键对结合力的贡献如图3。

图3  80个有晶体学研究的蛋白质—配体复合物结合常数Ki示意图。结果显示，Ki与蛋白质和配体间存在的氢键数目没有直接关系。

通过实验测定80个蛋白质—配体复合物的结合常数，并对氢键数目作图，可见结合常数分布在一个相当大的氢键数量范围，因此，比较两个与蛋白质结合时只有氢键差别的配体，其结合力可能增加，保持不变， 甚至有可能降低。

有一个关于氢键重要性的例子令人印象深刻，那就是由Paul Barlett等合成的一种金属蛋白酶—嗜热菌蛋白酶抑制剂4.3，其中磷酰胺(—PO2HN—)分别被亚磷酸(—PO2CH2—)或磷酸酯(—PO2O—)代替，结果如表1所示。

表1  嗜热菌蛋白酶抑制剂的结合常数Ki ，包括磷酰胺、磷酸酯 或亚磷酸。磷酰胺与锌离子复合，同时与Ala113形成氢键

尽管X射线晶体结构显示NH基团能形成氢键，但还是可以被CH2替换，结合力没有损失。磷酸酯与亚磷酸同样不形成氢键，NH基团被氧原子代替，结合力下降1000倍。

在水相中，替换NH的氧原子可与水相形成氢键。在磷酸酯—PO2O—的蛋白质—配体复合物中，电负性的氧原子与Ala113上的羰基刚好对应，两个氢键受体基团直接面对面，氢键无法形成，导致结合前后的氢键数目不平衡。

表2  化合物与丝氨酸蛋白酶凝血酶和胰蛋白酶的结合

此外，两个基团相互排斥，导致结合非常差。表2显示了一个类似的例子，比较3个由Eli Lilly公司合成的凝血酶抑制剂，发现氨基(X=—NH—)能与Gly216形成氢键，结合最强，由于醚氧原子(X= —O—)与蛋白质的羰基有静电排斥，其结合要减弱至1/5000。脂肪链化合物(X= —CH2—)与氨基相比也有很好的结合，活性分别只降低至1/8(凝血酶)和1/2(胰蛋白酶)。

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