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基础介绍
源于R tips:Seurat之SCTransform方法原理 (qq.com)
Seurat对象在经过SCTransform处理后会增加一个SCT的Assay,里面的scaled.data就是经过scale之后的pearson residual值,这个值是用于后续降维聚类分析使用的。另外默认情况下,SCTransform还会对UMI进行correct并放置到SCT的counts中,这个correct值的log之后就是SCT assay中的data值,这个data值是用于差异表达及可视化使用的,这里的可视化主要是指的表达量可视化如vlnplot、featureplot等。
UMI进行correct的原理也很简单,和sctransform的第三步类似,它会将log_umi的值指定为所有细胞的中位数,也就是说固定了log_umi的值。然后将pearson residual乘以标准差之后再加上这个值即可。
(1)多个SCTransform后的Seurat对象merge之后的结果,只是简单的合并表达数据的