Seurat-SCTransform与harmony整合学习

已于 2024-07-31 22:47:17 修改
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分类专栏： 单细胞学习 文章标签： 学习 大数据
于 2024-07-31 22:44:35 首次发布
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基础介绍

SCTransform与harmony联合代码测试

1）报错解决

2）SCTransform标准化

3）harmony去批次

基础介绍

源于R tips：Seurat之SCTransform方法原理 (qq.com)

Seurat对象在经过SCTransform处理后会增加一个SCT的Assay，里面的scaled.data就是经过scale之后的pearson residual值，这个值是用于后续降维聚类分析使用的。另外默认情况下，SCTransform还会对UMI进行correct并放置到SCT的counts中，这个correct值的log之后就是SCT assay中的data值，这个data值是用于差异表达及可视化使用的，这里的可视化主要是指的表达量可视化如vlnplot、featureplot等。

UMI进行correct的原理也很简单，和sctransform的第三步类似，它会将log_umi的值指定为所有细胞的中位数，也就是说固定了log_umi的值。然后将pearson residual乘以标准差之后再加上这个值即可。

（1）多个SCTransform后的Seurat对象merge之后的结果，只是简单的合并表达数据的

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hx2024
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单细胞Seurat-SCTransform标准化（并不能去批次）
hx2024的博客
07-31 1019
我们已经知道SCTranform的实际Normalize过程是调用的sctransform::vst函数，第一步拟合的代码在下面，可以发现实际代码是get_model_pars函数，get_model_pars中可以看到这里有多种拟合method可以选择，默认是possion，原因也是上述所说的，一个是运行速度的考虑，另外是由于第二步还要进行正则化，possion和负二项的拟合结果的最终差异不太大。然后再按照Counts的传统，对它进行log处理即可（变为常规的线性可加的数据）。
Seurat -- SCTransform
jiangshandaiyou的博客
05-01 636
【代码】Seurat -- SCTransform。
harmony与sct与harmony seurat中的 SCT连用
生信小博士的博客
03-06 927
【代码】harmony 与seurat中的 SCT连用。
seurat V5 单细胞测序分析IntegrateLayers(）遇到“group“: NULL是不能有属性的问题
Macoreup的博客
07-14 309
seurat V5 单细胞测序分析IntegrateLayers(）遇到"group": NULL是不能有属性的问题
深度学习入门之三
韩豆豆小姐的博客
11-22 359
数学运算 **±/ ,pow,square //(表示整除),% exp,log @,matmul linear layer 一、element-wise ±/ pow,square //(表示整除),% exp,log 都是对 对应元素进行操作 二、matrix-wise @,matmul(这两个均用来表示矩阵乘法) import tensorflow as tf a = tf.ones([2,2]) b = tf.fill([2,2],3.) print(a,b) print("这是a*b",a*b)
单细胞数据整合-去除批次效应harmony和CCA (学习)
hx2024的博客
07-31 1478
在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中，去除批次效应是至关重要的步骤，因为技术噪声和批次效应可能掩盖真正的生物学差异。批次效应来源于实验过程中的多种因素，如不同的实验批次、实验人员、仪器或实验条件的变化等。这些效应可能导致数据不一致性、增加噪声、降低实验的灵敏度和准确性，以及降低可重复性。scRNA-seq实验成本的降低鼓励建立大型项目，如人类细胞图谱，这些项目对数千至数百万个细胞的转录组进行分析。对于如此大规模的研究，物流限制不可避免地要求数据单独生成，即在不同的时间和不同的操作员生成。
Seurat-SCTransform与harmony整合学习续（亚群分析）
hx2024的博客
08-01 396
也就是说，两个样品的髓系淋巴细胞有样品特异性，但是我们的harmony整合可以让两个样品cd16单核在UMAP的二维可视化图靠近，以及两个样品的一小撮cd14单核在UMAP的二维可视化图靠近，但是很明显，STIM组里面的cd14单核还是有3个顽强的独立的亚群，是它比较特有的。，可能是因为它是针对完整的单细胞表达量矩阵设计的？或者说应该是在具体的每个样品内部跑SCTransform后然后再多个样品合并？左侧仅仅SCTransform标准化；右侧SCTransform+harmony去批次。
Seurat -- 数据集的整合
jiangshandaiyou的博客
05-08 1338
这里主要根据seurat的教程走的，描述了多个单细胞数据集的整合，其中数据集的integration并不是简单的数据集的merge。同时这里描述的流程仅仅包括同类型的scRNA-seq测序数据，像scRNA-seq与scATAC-seq等多模态数据的整合暂未涉及。前者包括元信息的整合，数据集之间的批次矫正，后者仅仅是对数据表的拼接，后续直接renormalization即可。整合前的数据以及LogNormalization的数据一直存放在RNA@data@x下面。整合前和整合后 anchors的数值变化。
Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南
05-28
本指南将演示如何结合RNA Velocity分析使用已处理/标准化的Seurat对象。 请记住，尽管Seurat是基于R的，但是所有可用的RNA Velocity软件/软件包都是Python，因此我们将在两者之间来回移动。 我们将使用以下程序： ...
Interactive-3D-Plotting-in-Seurat-3.0.0:该存储库包含R代码，您可以使用该代码创建Seurat分析的scRNAseq数据的3D UMAP和tSNE图
05-13
与使用Seurat中新的和改进的样本集成系统创建的集成/组合数据集兼容。 如果您使用，请不要忘记引用，谢谢:) !! 请不要忘记感谢贡献者！ 请引用为： Qadir，MMF，Álvarez-Cubela，S.，Klein，D.，v
在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程
09-14
在Linux环境中，使用相同版本的R安装Seurat2和Seurat3可能对某些研究项目至关重要，特别是当两个版本的Seurat各有优势时。Seurat是一款强大的R包，专用于单细胞分析，包含了多种分析工具，如细胞过滤、tSNE和UMAP...
【学习笔记】卫星通信NTN 3GPP标准化进展分析（六）- 参考标准
u011376987的博客
09-01 1147
本文总结了NTN标准化进程以及后续的研究计划，是学习NTN协议的入门。本文来自3GPP Joern Krause, 3GPP MCC。
iomuxc、pinctrl子系统、gpio子系统（学习总结）
weixin_61385844的博客
09-04 917
IOMUXC是SOC设计中实现引脚复用的关键组件，它通过动态切换引脚功能，提高了IO资源的利用率，满足了不同外设和功能的IO需求。在配置和使用IOMUXC时，需要参考芯片使用手册和设备树文档，确保引脚功能的正确设置。
学习项目1
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09-03 1602
这篇文章主要记录你最近入手的无线串口模块的配置情况，这是个很好的习惯，尤其是在你以后需要重复操作或排查问题时，会非常有帮助。- **DL_20无线串口模块**：这是一个常见的无线串口通信模块，通常基于nRF24L01+等无线通信芯片，支持点对点或多点通信，适合短距离的无线数据传输。是的，如果你按照步骤成功配置了两个模块并将它们连接到单机和电脑，当你在上位机软件（如SSCOM）上能稳定地接收到从单片机发送的数据（例如每秒输出的T值），就说明两个无线模块之间的通信已经配置成功。
网络编程学习：TCP/IP协议
kkbbaaii的博客
09-01 1631
网络编程学习：TCP/IP协议
EmguCV学习笔记 C# 第10章 人脸识别
UruseiBest 的技术专栏
09-05 464
EmguCV是一个基于OpenCV的开源免费的跨平台计算机视觉库,它向C#和VB.NET开发者提供了OpenCV库的大部分功能。10.1 人脸检测 CascadeClassifier类。10.2.2.1 EigenFaceRecgnizer类。10.2.1 LBPHFaceRecgnizer类。10.2 人脸识别 FaceRecgnizer类。教程配套文件及相关说明。
Vue响应式进阶常用API学习
最新发布
weixin_44072254的博客
09-06 592
reactive()的浅层浅层响应式，和reactive()不同，这里没有深层级的转换：一个浅层响应式对象里只有根级别的属性是响应式的。readonly()的浅层作用形式,只有根级别是只读不可更改的，根级别以下的可更改，只是视图不会更新，但值改变了。shallowRef是浅层引用,只会跟踪原始对象的引用,不会跟踪原始对象的属性。创建一个自定义的 ref，显式声明对其依赖追踪和更新触发的控制方式。的副作用，这通常在对浅引用的内部值进行深度变更后使用。代理对象，并返回该代理对象对应的原始对象。
seurat合并群之后计算marker
09-02
Seurat是一种流式单细胞转录组分析的强大工具，它可以对细胞进行合并，然后计算marker基因的表达量。 在使用Seurat进行群合并之后，我们首先需要确保合并的群是具有相似转录组的群。这可以通过可视化绘图和一些统计指标来进行评估，例如，使用t-SNE或UMAP将合并后的群与原始群进行比较，以确认它们是否具有相似的细胞类型或分化状态。 一旦群被合并，我们可以使用Seurat提供的内置函数或方法来计算marker基因的表达量。这可以通过比较合并群中细胞的平均基因表达量与其他群进行统计检验来实现。Seurat提供了一些内置函数，例如FindMarkers()和FindAllMarkers()，这些函数可以帮助我们找到合并群中显著差异的marker基因。 使用FindMarkers()函数时，我们需要设置合并群和参考群，该函数将计算差异表达分析，并返回各个基因的平均表达值以及差异表达的统计学显著性。这些结果可以用于识别在合并群和参考群之间的差异表达的marker基因。 除了FindMarkers()函数外，Seurat还提供了其他方法来计算marker基因，例如t-distributed Stochastic Neighbor Embedding (tSNE) 和 Principal Component Analysis (PCA)。这些方法可以用于将合并群与参考群进行比较，进一步评估它们之间的差异。 综上所述，通过Seurat合并群之后，我们可以使用其提供的内置函数和方法来计算marker基因的表达量，从而帮助我们深入了解合并群的细胞类型和状态。
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