④单细胞学习-cellchat细胞间通讯

已于 2024-06-02 22:11:51 修改
阅读量1.7k 收藏 21
点赞数 24
分类专栏： 单细胞学习 文章标签： 学习
于 2024-06-02 16:06:26 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/hx2024/article/details/139378242
版权
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
④-2单细胞学习-cellchat单数据代码补充版（通讯网络）
hx2024的博客
06-10 1394
为了便于解释复杂的细胞间通信网络，CellChat 通过从图论、模式识别和流形学习中抽象出来的方法对网络进行定量测量。关于cellchat的流程图在进行细胞交互分析的时候，不同分组的样本尽量不要一起进行分析，想要一起分析的时候需要保证不同分组间的细胞种类一致。同一分组的不同生物学重复可以一起分析。
⑤单细胞学习-cellchat组间通讯差异分析
hx2024的博客
06-10 1225
参考：
CellChat：R工具箱，用于从单细胞数据推断，可视化和分析细胞间通信
02-09
CellChat：单元间通信的推理和分析 重要更新！！ 2021年1月5日（版本0.5.0） CellChat对象的微小变化（请通过updateCellChat()更新以前计算的CellChat对象） 功能和教程的增强文档（使用help()来检查文档，例如help(CellChat) ） 多个数据集进行比较分析的新功能 支持从Seurat V3或SingleCellExperiment对象创建新的CellChat对象 基于网络的“ CellChat Explorer” 我们构建了一个用户友好的基于Web的“ ”，其中包含两个主要组件： 配体-受体相互作用浏览器，可轻松探索我们新颖的配体-受体相互作用数据库，全面概述包括多聚体复合物和辅因子在内的已知分子组成。 我们的数据库CellChatDB是一个人工整理的数据库，其中包含人类和小鼠中受文献支持的配体-受体相互作用。 Cel
CellChat part3 可视化细胞间通信网络
最新发布
salvo5的博客
03-28 1465
函数：这是CellChat包中专门用于生成气泡图来可视化细胞间通讯的函数。气泡图可以直观地展示不同细胞群体之间通过配体 - 受体对进行通讯的强度和显著性。：指定源细胞组。这里的数字4表示选择第 4 个细胞群体作为信号发送的源细胞组。在CellChat分析中，细胞群体通常会被编号，这个编号对应着特定的细胞类型或者细胞聚类。：指定目标细胞组。c(5:11)表示选择从第 5 个到第 11 个细胞群体作为信号接收的目标细胞组。这意味着代码将展示从第 4 个细胞群体到第 5 至 11 个细胞群体之间的细胞间通讯。
10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChat
weixin_53637133的博客
04-25 2658
10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChat
单样本Cellchat(V2)细胞通讯分析学习和整理
zfyyzhys的博客
09-21 7444
细胞通讯分析是一种研究不同细胞类型之间如何通过信号分子（如配体和受体）进行相互交流和调控的分析方法。它在揭示细胞间相互作用的机制，理解组织和器官如何协调运作方面具有重要意义。
CellChat v2 教程 1：使用 CellChat 推理和分析细胞间通信
🧑‍🎓 博士研究生在读 🔬 分享生物信息学、神经生物学方面的知识 💬 合作请在后台留言
04-01 5513
在权重为计算的通信概率的加权有向网络中，出度(outdegree)计算为来自一个细胞组的传出信号的通信概率之和，入度(in-degree)计算为去到一个细胞组的传入信号的通信概率之和，可用于分别识别信号网络的主要细胞发送者和接收者。值得注意的是，对于与 scRNA-seq 中测量的基因直接相关的分子，CellChat v2 通过这些分子的关键介质或酶来估算配体和受体的表达，以便通过非蛋白质介导的潜在通讯。因此，层次结构图提供了一种信息丰富且直观的方式来可视化感兴趣的细胞群之间的自分泌和旁分泌信号通信。
CellChat：细胞间通讯的R工具包从单细胞数据解析
gitblog_00325的博客
08-15 1235
CellChat：细胞间通讯的R工具包从单细胞数据解析 CellChatR toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell and spatially resolved transcriptomics项目地址:https://gitcode.com/gh_m...
④-1单细胞学习-cellchat单数据代码补充版
hx2024的博客
06-09 884
这里需要注意R绘图画板范围，可以将前面的绘图进行保存和devoff后再进行作图。3）每个细胞亚群的配受体通讯概率进行单独展示。这里提供的应该是counts data数据。
利用cellchat进行细胞通讯分析及可视化
XMQ_MOLLY的博客
12-19 1151
cellchat分析的全流程以及相关的可视化尝试
单细胞数据分析工具CellChat：R语言的细胞间通讯推断与可视化
gitblog_00099的博客
12-29 426
单细胞数据分析工具CellChat：R语言的细胞间通讯推断与可视化 CellChat R toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell data ...
单细胞测序数据分析——细胞通讯 CellChat
热门推荐
G2530051386的博客
07-08 1万+
cellchat
CellChat：分布式通信的新探索
gitblog_00023的博客
04-16 372
CellChat：分布式通信的新探索 CellChat R toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell data 项目地...
空间转录组分析实战4：空间细胞通讯分析-CellChat v2
weixin_44359288的博客
03-09 6079
CellChat v2: 从空间解析的转录组学推断相互作用细胞群之间的空间近端细胞间通讯
单细胞 | CellChat（一） · 单样本细胞互作
生信练习生
01-19 1225
可视化4：根据结构相似性和功能相似性识别信号组。三.可视化1：celltype之间通讯结果。一.生成cellchat文件，选择数据库。可视化3：计算并可视化网络中心性分数。可视化2：特定信号通路的互作情况。
ChatCell
weixin_30399821的博客
10-01 189
import UIKit let chatCellHeight: CGFloat = 72 let chatCellInsetLeft = chatCellHeight + 8 class ChatCell:UITableViewCell { 　　let userPictureImageView:UIImageView 　　let userNameLabel:UILabel ...
自存 单细胞测序细胞互作分析 CellChat
weixin_73043012的博客
04-15 2107
显示指定signaling的互作受体-配体对，我这里示例的是MHC-I信号通路，通常来说只需要一个signaling就行了，不嫌事大的话倒也可以试试全部的信号通路（笑）可以看受体-配体对在各群细胞的互作中的水平。纵轴是信号来源，横轴是接受信号的靶标，可以看到，这张图说明CD8 T细胞是接收MHC-I信号的主要靶细胞，其他细胞都有起到信号源的功能。这篇帖子的可视化讲的太拉了，所以参考了其他的帖子并且实践了一下，博主会提供几个常见的结果图的代码。圈的大小是这群细胞中表达这个基因的比例，颜色是表达量。
（七）单细胞数据分析——CellChat细胞间通讯差异分析
m0_47675572的博客
06-28 8230
Cellchat差异分析不同组织之间的细胞间通讯结果，主要关注的是不同细胞群之间的细胞间通讯有何种差异！
SCDE：单细胞RNA-seq数据分析的R软件包
对于初学者和高级用户，scde项目通常会提供一些教程和示例数据集，帮助用户理解和学习如何正确使用该软件包进行单细胞RNA-seq数据分析。这些教程可能涵盖了数据预处理、模型拟合、差异表达分析、结果解释等各个阶段...
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值