④单细胞学习-cellchat细胞间通讯

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分类专栏： 单细胞学习 文章标签： 学习
于 2024-06-02 16:06:26 首次发布
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版权

目录

1，原理基础

流程

受体配体概念

方法比较

计算原理

2，数据

3，代码运行

1，原理基础

原文学习Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat - PMC (nih.gov)

GitHub - sqjin/CellChat: R toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell data

流程

a 配体-受体相互作用数据库概述。CellChatDB考虑了配体-受体复合物的已知组成，包括具有多聚体配体和受体的复合物，以及几种辅因子类型：可溶性激动剂，拮抗剂，共刺激和共抑制膜结合受体。CellChatDB 包含

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hx2024
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在权重为计算的通信概率的加权有向网络中，出度(outdegree)计算为来自一个细胞组的传出信号的通信概率之和，入度(in-degree)计算为去到一个细胞组的传入信号的通信概率之和，可用于分别识别信号网络的主要细胞发送者和接收者。值得注意的是，对于与 scRNA-seq 中测量的基因直接相关的分子，CellChat v2 通过这些分子的关键介质或酶来估算配体和受体的表达，以便通过非蛋白质介导的潜在通讯。因此，层次结构图提供了一种信息丰富且直观的方式来可视化感兴趣的细胞群之间的自分泌和旁分泌信号通信。
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④-1单细胞学习-cellchat单数据代码补充版
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这里需要注意R绘图画板范围，可以将前面的绘图进行保存和devoff后再进行作图。3）每个细胞亚群的配受体通讯概率进行单独展示。这里提供的应该是counts data数据。
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2022 年 11 月 12 日加载所需的库第一部分：CellChat对象的数据输入&处理和初始化加载数据创建一个 CellChat 对象设置配体-受体相互作用数据库预处理细胞间通讯分析的表达数据第二部分：细胞间通信网络的推断计算通信概率并推断蜂窝通信网络在信号通路水平上推断细胞间通讯计算聚合的细胞间通信网络第三部分：细胞间通信网络的可视化第五部分：保存 CellChat 对象。
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没错，主要的原因是igraph包更新了，如果你igraph是1.4.0或者以下就不会有问题。或者cellchat也提供了办法，就是更新object，就不会有问题了。今日的内容主要解决两个问题，一个是cellchat的代码报错问题，因为已经有很多人提出这个问题了。第二个是Cellphonedb结果的可视化，这里提供一种免费的很实用的快捷可视化方法。但是总是有人嫌弃这个包的图臭，也一直问我问题，因为这个包的函数legend设置的不太好。好了，这就是所有内容了，希望对你学习有帮助。也希望你能多多思考。
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显示指定signaling的互作受体-配体对，我这里示例的是MHC-I信号通路，通常来说只需要一个signaling就行了，不嫌事大的话倒也可以试试全部的信号通路（笑）可以看受体-配体对在各群细胞的互作中的水平。纵轴是信号来源，横轴是接受信号的靶标，可以看到，这张图说明CD8 T细胞是接收MHC-I信号的主要靶细胞，其他细胞都有起到信号源的功能。这篇帖子的可视化讲的太拉了，所以参考了其他的帖子并且实践了一下，博主会提供几个常见的结果图的代码。圈的大小是这群细胞中表达这个基因的比例，颜色是表达量。
Cellchat 通讯数量和细胞数量什么区别
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CellChat是一种基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信分析工具。它能够分析细胞间的通讯，识别细胞之间的信号传递和相互作用。CellChat中的通讯数量指的是不同类型细胞之间的通讯数量，也就是有多少种不同类型的细胞之间存在通讯关系。而细胞数量指的是单细胞RNA测序数据中总共有多少个细胞被分析和识别。因此，这两个概念没有直接的关联，它们分别表示不同的含义。
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