单细胞Seurat的umi矩阵-与feature、counts（用于质控）

于 2024-08-05 01:29:58 发布
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分类专栏： 单细胞学习 文章标签： javascript 开发语言 ecmascript
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关于umi矩阵学习

用umi计算feature、counts值

①meta数据查看

②Count和Feature计算（生成Seurat时自动计算）

1）提取UMI矩阵

2）计算

其他指标

评估质量指标（重点）

1）UMI计数

2）基因计数

3）UMIs vs. genes detected

4）线粒体计数比率

5）综合过滤

过滤提取子集

关于umi矩阵学习

10X数据因为有UMI，不需要考虑基因长度的影响，但仍然需要考虑测序深度在不同细胞之间的差异，所以需要用函数LogNormalize进行处理，具体方法是用该基因的UMI/该细胞的全部UMI，再乘以10000，在按列LogNormalize后，又可以按行进行scale​​，以去除极大值极小值基因对数据的影响。关于单细胞TPM、Count数据的处理_rds文件的umicount和readcount是什么-CSDN博客

用umi计算feature、counts值

scRNA-seq质量控制流程scRNA-seq—质量控制 (qq.com)

①meta数据查看

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seurat提取表达矩阵_Seurat
weixin_39628551的博客
01-13 8416
library(dplyr)library(Seurat)# 10X的数据可以使用Read10X这个函数，会返回一个UMI count矩阵，其中的每个值表示每个基因(行)在每个细胞(列)的分子数量pbmc.data # class(pbmc.data)# str(pbmc.data)# 利用这个UMI count矩阵构建Seurat对象，(使用非标准化的原始数据先构建一个对象);# Seurat对...
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
LittleComputerRobot的博客
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单细胞分析（一）——seurat包单个样本处理
lijianpeng0302的博客
05-27 4752
在这个教程中，主要将分析 10X Genomics 免费提供的外周血单核细胞 (PBMC) 数据集。
单细胞分析之质控（四）
冷冻工厂
11-03 1287
学习目标 知道如何导入和读取数据，并了解数据的质控，能够对数据进行质控和分析。 1. 质控准备 在基因表达定量后，需要将这些数据导入到 R 中，以生成用于执行 QC（质控）。下面将讨论定量数据的格式，以及如何将其导入 R，以便可以继续工作流程中的 QC 步骤。 2. 数据来源 在本教程中，将使用scRNA-seq 数据集，该数据集是 Kang 等人 2017[1] 年一项大规模研究的一部分。在本文中，作者提出了一种算法，该算法利用遗传变异 (eQTL) 来确定每个包含单个细胞的液滴 (singlet) 的
代码分析 | 单细胞转录组质控详解
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悟道西方
04-17 1万+
前言 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-ste...
单细胞分析实录(5): Seurat标准流程
TOP生物信息
01-05 5648
前面我们已经学习了单细胞转录组分析的：使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测，今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容，网上有很多帖子，基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍，这回我换一个数据集，细胞类型更多，同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧。 1. 导入数据，创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",heade
单细胞测序流程分析
weixin_55019664的博客
08-25 2551
创建一列名为percent.mt的新数据，添加到pbmc中，使用PercentageFeatureSet函数（此函数可以计算每个细胞中每一细胞器的QC指标）计算线粒体基因占比。PercentageFeatureSet 函数是根据counts总数相除算的打分：该基因集的counts总和/所有基因的counts总和。创建Seurat对象，counts为读取的源文件，project为Seurat对象想保存的文件名。#%>%为管道函数，就是把左件的值发送给右件的表达式（暂存在内存当中，没有保存为对象在硬盘中）...
生信-单细胞数据处理
wish_to_top的博客
06-08 6667
文章目录写在前面写作来源开始为什么要用单细胞测序原始数据产出形式单细胞基本流程一些背景知识点为什么不使用RPKM等类似的统计量CV（标准差/均值）单细胞的样本配置质控部分标化问题tsne与pca为什么要去除核糖体和线粒体UMI，indrops`, `SEQC`, `zUMIs原理与流程应用方向R包需求等环境的设置R包的安装代码实操第一步：过滤(基因过滤，阈值：5%（**非硬性**）)+提取批次信息+聚类的分组模式第二步：观察批次效应(PCA)导入数据（seurat包）质量控制（样本与基因，严格点的需要线粒体
单细胞测序最好的教程（一）：质量控制
weixin_43682390的博客
08-04 1441
目前，国内对于单细胞测序分析的教程五花八门，百花齐放，一个合适且准确的pipeline对于分析是很有价值的。2023年在 Nat Rev Genet上发表的一篇论文Best practices for single-cell analysis across modalities，详细介绍了单细胞最佳实践的流程。但是，其在国内的推广有两个不足：（一）全英文教程；（二）R语言与Python混合。二者限制了其在国内的推广，故笔者在原教程的基础上，结合自身的单细胞测序分析经验。
Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南
05-28
苏拉特对RNA的速度 罗勒·库德（Basil Khuder） ...首先，我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件（一种为基因组数据集（例如单细胞）设计的文件格式）。 织机文件不同于您在Seura
seurat：用于单细胞基因组学的R工具包
02-23
Seurat是用于单细胞基因组学的R工具包，由NYGC的Satija实验室开发和维护。 说明，文档和教程可在以下位置找到： Seurat也托管在GitHub上，您可以在以下位置查看和克隆存储库 通过使用devtools软件包直接从GitHub...
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门.md
05-12
单细胞RNA测序（scRNA-seq）Seurat分析流程入门
seurat-disk:基于HDF5的单单元文件格式的接口
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SeuratDisk v0.0.0.9015 h5Seurat文件格式是专门为存储和分析多模式单细胞和空间分辨表达实验而设计的，例如，来自CITE-seq或10X Visium技术。 它保存所有分子信息和相关的元数据，包括（例如）最近邻图，降维信息，...
scRNASeq-bulkRNASeq:单细胞和大量RNASeq分析脚本
05-12
Seurat是我选择的单细胞数据包。 对于批量RNASeq，我使用手动STAR-htseq-DESeq2管道，但可能会切换为limma而不是DESeq2。 出于可视化目的，我使用R包的内置函数或使用自定义ggplot2以及偶尔使用的基本R图形函数。
SpringBoot+Vue图书(图书借阅)管理系统-附项目源码与配套文档
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m0_74283290的博客
08-03 672
本论文阐述了一套先进的图书管理系统的设计与实现，该系统采用Java语言，结合现代Web开发框架和技术，旨在为图书馆提供高效、灵活且用户友好的资源管理解决方案。系统利用Spring Boot框架为核心，整合MyBatis ORM工具，以及MySQL数据库，构建了一个高性能、可扩展的后端服务。前端界面则采用了Vue.js框架，以提供流畅的用户交互体验。论文首先进行了详尽的需求分析，确定了系统的核心功能，包括图书的添加、编辑、删除、查询，读者的注册、登录、个人信息管理，以及图书的借阅、归还、续借流程。
VUE3自定义指令防止重复点击多次提交
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07-30 308
vue3连续点击按钮重复提交，vue3自定义指令防止重复提交
Vue3中的pinia的使用及组合写法与普通写法的区别
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07-30 247
1、首先pinia可以自己后面按需安装，也可在项目创建时去勾选安装（这里我使用的是项目创建时自动安装的，吃了点亏，忘记这里是组合写法了）按照这个写法是不需要添加pinia核心（state、actions、getters），但需要return！store文件夹中的counter.ts （名字任起）在组件中直接使用即可，如下图。2、自定义安装pinia。3、在组件中使用，如下图。
【分享】前端程序员-技术网站推荐
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对于前端开发人员来说，以下是一些推荐的技术网站，这些网站提供了丰富的资源和知识，可以帮助你提升前端开发技能：收集一些 、、 的网站 vite 官方中文文档 element-plus 官方中文文档 pinia 官方中文文档 vue-router 官方中文文档 Tailwind CSS 官方文档 vitest 官方中文文档 es6 中文文档 axios 官方中文文档 vxetable 官方中文文档 lodash 中文文档 echarts 官方中文文档 animat
单细胞seurat流程中，怎么提取某种基因在各个群中的表达矩阵
06-11
在Seurat中，可以使用函数`FindMarkers()`来寻找不同群组之间具有显著差异表达的基因。该函数会返回每个群组中每个基因的平均表达量和表达差异的p值等信息。你可以使用该函数来获取某个基因在不同群组中的表达矩阵。 具体步骤如下： 1. 从Seurat对象中提取每个群组的细胞簇ID，可以使用`Idents()`函数获取。 2. 对于每个群组，使用`FindMarkers()`函数查找具有显著差异表达的基因。在函数调用中，设置参数`test.use = 'roc'`来使用ROC曲线分析结果，设置参数`only.pos = TRUE`来仅寻找表达上调的基因。 3. 对于每个基因，将其在不同群组中的表达水平提取出来，可以使用`DoHeatmap()`函数来进行可视化，或者使用`FetchData()`函数从Seurat对象的`@markers`属性中提取数据。 举个例子，假设你想获取基因"CD8A"在Seurat对象"pbmc"的不同群组中的表达矩阵，代码如下： ``` # 从Seurat对象中提取每个群组ID idents <- Idents(pbmc) groups <- levels(idents) # 查找具有显著差异表达的基因 markers <- lapply(groups, function(group) { FindMarkers(pbmc, ident.1 = group, test.use = 'roc', only.pos = TRUE) }) # 提取基因"CD8A"在各个群组中的表达数据 cd8a_data <- lapply(markers, function(markers) { cd8a_marker <- markers[markers$gene == 'CD8A', ] cd8a_expr <- FetchData(pbmc@markers, vars = cd8a_marker$gene) cd8a_expr }) # 将表达数据合并成矩阵 cd8a_matrix <- do.call(cbind, cd8a_data) colnames(cd8a_matrix) <- groups ``` 这样，你就可以得到基因"CD8A"在不同群组中的表达矩阵`cd8a_matrix`了。
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