scBCR-seq data from GEO database run on cellranger vdj

scBCR-seq data from GEO database run on cellranger vdj

#down load data

/public/home/djs/software/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/prefetch-orig.2.10.9 --option-file /public/home/djs/SRR_Acc_List5.txt -X 1000G -p -r yes -c -O /public/home/djs/cell_ranger_test/IBD -t http

#上述方法下载数据会很慢尤其是心情比较着急的时候
#可以参考aspera工具提高下载速度，这里有我的一篇博文
#或者去EBI找到URL，然后跑到迅雷下载最后用winSCP上传数据到服务器

#拆分数据

ls | grep sra | while read id ;do /public/home/djs/software/tools_NCBI/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/fastq-dump-orig.2.10.9  --gzip --split-3 $id ; done & 

#pre-treatment

#fastq文件的命名需要符合cell ranger的要求，具体要求见下文
ls | while read id ;do mv $id "$(echo $id | cut -c 1-10)_S1_L001_R$(echo $id | cut -c 12)_001.fastq" ;done
##wc bash的正则表达式好好学，不然还不如一个一个文件的改呢^_^

#quality of fastq

#本次使用fastqc以及multiqc
#插曲，multiqc未安装，安装multiqc,https://multiqc.info/docs/#parsed-data-directory
#工作了后访问那个网站都不顺利
cd /public/home/djs/software
wget https://github.com/ewels/MultiQC/archive/master.zip 
unzip master.zip
cd MultiQC-master
pip install .  #该动作修改了numpy，matplotlib等库的版本 ,最新版支持py3.6以上
multiqc --help 
cd - && mkdir fastqc && mkdir multiqc
ls | while read id ;do ( fastqc -q -t 10 -o ./fastqc $id &);done
multiqc ./fastqc -o ./multiqc #fastqc 需要JDK以及py2环境，但是multiqc在py3下面

#cellranger VDJ

nohup cellranger vdj --id=control_1 \
--fastqs=/public/home/djs/cell_ranger_test/IBD \
--reference=/public/home/djs/cell_ranger_test/vdj_reference \
--sample=SRR8478681,SRR8478682,SRR8478683 \
--localcores=32 \
--localmem=100 & #fastq文件名字格式不对一定报错 #我有个多个文件是IG/TR混合数据也报错

nohup cellranger vdj --id=control_2 \
--fastqs=/public/home/djs/cell_ranger_test/IBD \
--reference=/public/home/djs/cell_ranger_test/vdj_reference \
--sample=SRR8478704,SRR8478705 \
--localcores=32 \
--localmem=100 &

#结果文件可以使用 loupe VDJ browser查看

#好像有R包可以处理cellranger vdj产生的结果文件，我现在去找找学习学习。

#FASTQ文件命名说明（重要）

10x的pipeline处理的文件命名需要符合bcl2fastq的规则，否则会报错。

一般格式为：[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-bjYn3QvW-1610072974814)(C:\Users\lenovo\AppData\Roaming\Typora\typora-user-images\1607930535152.png)]

其中read type为以下之一：I1——sample index read; R1——Read1;R2——Read2