使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果

本文介绍了10X Genomics的Loupe Cell Browser,这是一个用于查看单细胞转录组分析结果的图形界面工具。通过导入cell Ranger软件的输出文件,用户可以观察降维后的2D散点图,调整聚类显示,并导出聚类结果。此外,软件还提供特征表和热图视图,便于研究基因表达差异。这款交互式软件增强了数据探索的便利性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件,同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统,下载地址如下

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

安装好之后,双击启动,界面如下

在cell ranger软件的输出结果中,有一个名为cloupe.cloupe的文件,该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。

通过左上角的File->Open File, 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单,导入对应的后缀cloupe的文件,导入成功后的页面如下

默认展示的是t-SNE降维后的

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