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10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件,同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统,下载地址如下
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest
安装好之后,双击启动,界面如下
在cell ranger软件的输出结果中,有一个名为cloupe.cloupe
的文件,该文件就是用于输入到Loupe Cell Browser软件中的。
通过左上角的File->Open File
, 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜单,导入对应的后缀cloupe
的文件,导入成功后的页面如下
默认展示的是t-SNE
降维后的