cell ranger分析结果详细解读

最新推荐文章于 2024-07-30 14:38:44 发布

生信修炼手册

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本文详细解读了Cell Ranger的分析结果，包括异常警告、细胞和基因评估、比对比例统计、细胞数目评估、样本信息、t-SNE图、细胞亚型识别、基因差异表达分析和饱和度评估。此外，介绍了不同文件的含义和用途，如PCA、t-SNE、聚类结果、表达量数据以及相关的HDF5和BAM文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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cell ranger输出结果目录结构如下所示

├── analysis
│   ├── clustering
│   ├── diffexp
│   ├── pca
│   └── tsne
├── cloupe.cloupe
├── filtered_feature_bc_matrix.h5
├── filtered_gene_bc_matrices
│   └── GRCh38
├── metrics_summary.csv
├── molecule_info.h5
├── possorted_genome_bam.bam
├── possorted_genome_bam.bam.bai
├── raw_feature_bc_matrix
│   ├── barcodes.tsv.gz
│   ├── features.tsv.gz
│   └── matrix.mtx.gz
├── raw_feature_bc_matrix.h5
└── web_summary.html

输出文件非常的多，为了方便查看结果，提供了一个所有结果汇总的html页面，即web_summary.html。该网页的结果分成了summary和analysis两部分， summary部分包含如下结果