医学图像笔记（七）医学图像配准

1、度量标准

从Elastix手册中查到
Releases · SuperElastix/elastix (github.com)

总结
MSD度量是一种仅适用于具有相等强度分布的两个图像的度量，即来自相同模态的图像。
NCC相对宽松，它假设固定图像和运动图像的强度值之间存在线性关系，因此可以更频繁地使用。
MI度量更加普遍:仅假设固定图像和运动图像的强度的概率分布之间的关系。众所周知，对于多模态图像，它不仅适用于单模态图像，也适用于多模态图像对，这种方法通常是图像配准的好选择。
NMI度量就像MI一样，适用于单模态和多模态配准。
KS测量特别意味着记录二进制图像(分割)。它测量分段的“重叠”。

参考：图像配准常用评价方法

2、DTI配准之Slicer (Elastix or BRAI NS)配准篇

多模态影像的配准原则：

①优先以分辨率高、层厚薄T1为基准图像；

②若CT层薄，可以先以薄层CT为基准图像配准T1，然后以配准后的T1像为基准图像配准其他系列影像；
③优先相同扫描仪器、相同扫描系列的配准（如CTA与CT配准，T1与T1增强等）。

配准的原理：

①刚体变换（rigid body transformation）：只需要经过空间的平移和旋转，核磁图像中，空间可沿着x、y、z轴平移或旋转，因此刚性变换只需要6个自由度。

②仿射变换（affine transformation）：除了需要空间平移和旋转以外，还需要图像的拉伸（Scaling）如放大、缩小，和图像的倾斜（Skews/Shears），图像的拉伸和倾斜也有6个自由度。因此，仿射变换的自由度是12个。
③非线性变换：除了平移、旋转、拉伸、倾斜外，还需要图像局部的形变，故需要的自由度在12个以上。
DTI由包含多个方向的扫描序列，故配准比较特殊。可以通过Slicer自带的General Registration（BRAINS）及插件General Registration（Elastix）配准。还可以通过SPM联合BRAINS或SPM联合Elastix配准。

参考：DTI配准之Slicer (Elastix or BRAI NS)配准篇