大家好,我是小马老师。
使用lammps运行多体耗散粒子动力学(MDPD)时提示了一个错误:
在解决这个问题之前,先说说lammps中的一个概念:ghost atoms。
在lammps进行并行计算时,体系的原子会被分配到不同的cpu核心进行计算。
当一个cpu的原子A的近邻原子B处于另外一个cpu核心时,B称为A的“ghost atoms”。
“ghost”粒子保存在一个单独的列表list中,默认情况下,这个列表只保存ghost原子坐标,并不保存速度等信息。
但mpdp在进行计算时,需要ghost粒子的平移速度、角速度和角动量等速度信息。
因此,需要改变lammps默认设置,在list列表中保存ghost粒子的速度信息。
使用的命令为:
comm_modify vel yes
在in文件势函数代码之前添加这句命令后,程序就可以正常运行了:
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