大家好,我是小马老师。
本文介绍lammps in文件编写过程中一个常见的错误:重复积分。
分子动力学模拟的主要运算是原子的积分运算,通过求解积分方程得到原子的受力以及计算原子的速度,从而得出下一时刻原子的位置和状态。
原子的积分体现到代码中就是fix nve/nvt/npt等系综的设置,有些fix命令也自带积分运算,如fix move等命令。
原子不设置系综,就不会参与积分方程的求解,最明显的现象是在模拟过程中,原子是静止的。
但原子也不能设置多个系综,如果设置两个以上的系综,要参与两次积分运算,很明显是错误的。
此时,lammps会给出多重积分设置警告:
常见重复积分设置错误有以下几种:
(1)分层设置系综
有牛顿层、固定层、恒温层等不同层的模拟体系中,分层系综设置不当,容易造成积分设置重复。
如:
fix 1 all nve
fix