GWAS中常用格式“ped/map”和“tped/tfam”

参考资料来源：

http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#tr

plink常用格式：PED/MAP

PED文件：包含每个样本的基本信息（族系、名称、性别等）、表现型信息（phenotype）、这个样本所含的所有SNPs位点的信息（第7列之后）。每行表示一个样本。

具体列数取决于该样本所含SNPs位点数

前六列，每列信息如下：

     Family ID
     Individual ID
     Paternal ID
     Maternal ID
     Sex (1=male; 2=female; other=unknown)
     Phenotype

其中：
Family ID：族系ID
Individual ID：个体（如样本间无族系联系，Family ID和Individual ID可以一样）
Paternal ID：父系ID，未知可为0
Maternal ID：母系ID，未知可为0
Sex：性别 (1=male; 2=female; other=unknown)
Phenotype：每个ped文件有且只有一列是phenotype

从第七列开始，每两列代表该样本所含的一个SNP的基因型：
如：第七、八列代表第一个基因型，第九、十列代表第二个基因型等等

PED文件举例：

      FAM001  1  0 0  1