如何套牢ceRNA研究套路

由于ceRNA机制研究的套路较为固定，调控网络的预测相对简单，实验也并不复杂，因此近年来非编码RNA的研究大多从ceRNA机制研究这一角度着手，相关文章数量出现井喷式增长，这势必导致ceRNA机制研究落入俗套，出现ceRNA研究难发高分文章的现象。今天胖师兄给大家分享两篇文章，ceRNA研究套路一样，都是生信数据挖掘+实验验证，一篇发表在Molecular Cancer上，影响因子10.68，一篇发表在OncoTargets and Therapy上，影响因子3.05，通过这两篇文章我们来谈谈如何在ceRNA机制研究套路上玩出新花样。

 

既然是做ceRNA机制研究，那么首先要确定的是作为ceRNA的非编码RNA，比如lncRNA，然后在确定lncRNA之后顺藤摸瓜找到lncRNA sponge的miRNA以及靶向miRNA的mRNA，最终确定lncRNA-miRNA-mRNA这一ceRNA调控网络，当然这中间的各种验证实验是必不可少的。

我们按照这样的ceRNA研究思路先来看下第一篇文章是如何阐述乳腺癌中ceRNA调控网络的。

 

 

文章一

 

1) 确定目标lncRNA

首先研究人员分析了公共数据库TCGA和GEO(GSE112848)中乳腺癌相关的lncRNA，确定研究目标BCRT1。然后对该lncRNA的结构和编码能力进行了分析，并分析了细胞和组织中该lncRNA的表达情况，以及该lncRNA表达量与临床预后的相关性，结果均显示该lncRNA与乳腺癌密切相关，最后进行了亚细胞定位，以便后续从ceRNA的角度进行分析。

体内外沉默/过表达BCRT1，观察细胞表型变化和小鼠肿瘤的变化，结果显示BCRT1促进乳腺癌细胞的增殖、迁移、侵袭，减缓细胞凋亡，加速小鼠肿瘤组织的增长和血管生成，促进癌转移，提示BCRT1影响乳腺癌进展。

（从众多的差异lncRNA中挑出有研究价值的lncRNA并不容易，锁定目标lncRNA后一定要进行充分分析，体内外功能实验+临床分析，确保目标lncRNA与乳腺癌密切相关）

 

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