由于ceRNA机制研究的套路较为固定,调控网络的预测相对简单,实验也并不复杂,因此近年来非编码RNA的研究大多从ceRNA机制研究这一角度着手,相关文章数量出现井喷式增长,这势必导致ceRNA机制研究落入俗套,出现ceRNA研究难发高分文章的现象。今天胖师兄给大家分享两篇文章,ceRNA研究套路一样,都是生信数据挖掘+实验验证,一篇发表在Molecular Cancer上,影响因子10.68,一篇发表在OncoTargets and Therapy上,影响因子3.05,通过这两篇文章我们来谈谈如何在ceRNA机制研究套路上玩出新花样。
既然是做ceRNA机制研究,那么首先要确定的是作为ceRNA的非编码RNA,比如lncRNA,然后在确定lncRNA之后顺藤摸瓜找到lncRNA sponge的miRNA以及靶向miRNA的mRNA,最终确定lncRNA-miRNA-mRNA这一ceRNA调控网络,当然这中间的各种验证实验是必不可少的。
我们按照这样的ceRNA研究思路先来看下第一篇文章是如何阐述乳腺癌中ceRNA调控网络的。
文章一
1) 确定目标lncRNA
首先研究人员分析了公共数据库TCGA和GEO(GSE112848)中乳腺癌相关的lncRNA,确定研究目标BCRT1。然后对该lncRNA的结构和编码能力进行了分析,并分析了细胞和组织中该lncRNA的表达情况,以及该lncRNA表达量与临床预后的相关性,结果均显示该lncRNA与乳腺癌密切相关,最后进行了亚细胞定位,以便后续从ceRNA的角度进行分析。
体内外沉默/过表达BCRT1,观察细胞表型变化和小鼠肿瘤的变化,结果显示BCRT1促进乳腺癌细胞的增殖、迁移、侵袭,减缓细胞凋亡,加速小鼠肿瘤组织的增长和血管生成,促进癌转移,提示BCRT1影响乳腺癌进展。
(从众多的差异lncRNA中挑出有研究价值的lncRNA并不容易,锁定目标lncRNA后一定要进行充分分析,体内外功能实验+临床分析,确保目标lncRNA与乳腺癌密切相关)