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RSS订阅转载 基于共刺激分子的纯生信分析发2区5分+期刊，这个思路值得一看
小编今天解读的这篇文章是2020年发表在杂志OncoImmunology（IF: 5.869）上,题目为Identification of a costimulatory moleculebased signature for predicting prognosis risk and immunotherapy response in patients with lung adenocarcinoma。作者对LUAD患者进行了共刺激分子景观分析。建立了一个可靠的，临床上可行的预后特征模型，命名为CMS，并
2020-11-30 21:06:29
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转载 ggchicklet包，圆角条形图的绘制
ggchicklet 包简介ggchicklet包具体的绘图函数主要介绍geom_chicklet()绘图函数，其语法和ggplot2的geom_col()类似，但其提供了radius属性，用于设置圆角角度，其主要语法如下：geom_chicklet(mapping=NULL,data=NULL,position=ggplot2::position_stack(reverse=TRUE),radius=grid::unit(3,"pt"),.....
2020-11-30 20:54:23
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转载 实验动物病毒注入方法和注意事项
在工具病毒使用的过程中使用方法的选择尤为重要，尤其是体内感染时，注射方法的选择在一定程度上也决定了病毒的使用效果。本文中将对神经系统病毒感染常用注射方法予以详细的介绍，并对不同注射方法的适用特性总结比较，供大家在注射方法选择及操作时参考。脑立体定位注射脑立体定位注射是神经系统病毒感染最常用注射方法，其具体操作步骤如下：1. 实验前准备a.麻醉：小鼠称重后腹腔注射1%的戊巴比妥（剂量为80mg/100g体重），放置于饲养笼内，约5~10 min；...
2020-11-30 17:19:25
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转载 Origin如何进行单段和多段的线性拟合
在进行数据处理时，如果需要对绘制的散点图进行线性拟合，应该怎么操作呢？针对更为复杂的情况，按照不同需要进行分段线性拟合时，怎么样才能够实现多段拟合呢？一、单段线性拟合1、首先，把数据导入origin中；2、选中需要绘制的两列数据，点击屏幕左下角，绘制散点图；3、拟合散点图：依次点击Analysis → Fitting →Linear Fit→ Open Dialog，弹出Linear Fit对话框，对话框里面不作修改，采取默认点击OK即可。文章剩余内容...
2020-11-30 01:33:23
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转载 重大新发现！首次将炎性小体NLRP1蛋白鉴定为双链RNA感应器
炎性小体用作病原体感染或细胞扰动的细胞内传感器，因此在多种疾病中起着核心作用。NLRP1功能获得性突变的患者表现为皮肤或呼吸道的炎症表型，主要影响角质形成细胞和呼吸道上皮细胞。这表明人NLRP1在屏障组织上皮细胞而不是在髓室内的非自我识别中起重要作用。2020年11月26日，德国慕尼黑大学Veit Hornung团队在Science在线发表题为“Human NLRP1 is a sensor for double-stranded RNA”的研究论文，该研究确定了正链RNA病毒Semliki Fore.
2020-11-30 00:48:37
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转载 Endnote: 如何下载并引用参考文献？
（一）创建endnote文件夹1.在桌面创建一个文件夹，并且命名2.打开安装好的endnote软件，我们会发现，是一个空白的，那么我们得开始创建一个endnote文件3.新建endnote文件4.选择桌面创建的文件夹，并且对endnote文件进行命名，然后确定5.这个时候，你会发现，文件已经创建好文章剩余内容<<<<<...
2020-11-30 00:45:42
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转载 如何用GraphPad Prism9做logistic回归
先来看看数据，很明显，第一列为因变量，其余为自变量，其中age为定量变量，sex为二分类，ticket class为多分类。之后，按照下图进行操作，选择new analysis——multiple variable analysis——multiple logistic regression——OK文章剩余内容<<<<<...
2020-11-29 03:40:02
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转载 如何用SPSS绘制频率多边形图
1、问题与数据某研究者想了解某数据集中最大携氧能力（VO2max）是否服从正态分布，部分数据如图1。研究者应如何绘图查看呢？图1部分数据2、对问题的分析研究者想绘图展示最大携氧能力的分布特征，除了简单直方图等，还可以使用频率多边形。频率多边形常用来展示连续变量的分布特征，特别是检查连续变量是否符合正态分布。3、SPSS操作3.1频率多边形在主界面点击 Graphs→Chart Builder，选择左下角的 Choose from框中的Histog...
2020-11-29 03:30:25
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转载 Meta分析如何联系原作者？
我们在进行Meta分析时，可能经常碰到数据不完整的情况，这时我们需要联系原始研究的作者，中文水平大家都很好，英文邮件该怎么表达？今天，小编分享一封万能模板，供大家参考！Dear Dr./Prof.XXX,Hope this e-mail finds you well.My name isXXXand I'm a researcher fromXX/XX.（先进行自我介绍）文章剩余类容<<<<<...
2020-11-29 03:12:32
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转载 如何上传蛋白质组数据
想扩增子测序和宏基因组测序一样，我们在做完蛋白质组之后，也是需要将原始数据上传到公共数据库中的，今天给大家介绍一下蛋白质组数据上传的流程。数据库目前储存蛋白质组数据的公共数据库有好几个，我们选择ProteomeXchange作为本次示例的上传数据库。上传工具下载进入数据库网站，点击Submit Data，进入上传数据页面。文章剩余内容<<<<...
2020-11-29 03:07:37
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转载 用GraphPad Prism9做分组柱状图与散点图共存图
仅仅用柱状图不能反应数据分布的情况，而柱状图带散点图能够体现原始数据的分布规律，下面我们就详细讲一下如何使用GraphPad Prism软件绘制分组带散点的柱形图。数 据我们使用的数据是，利用载体示踪来研究4种类型神经元对小鼠某一脑区的输入，展示其在几个重要脑区输入的差异，每种类型神经元有3只小鼠。数据如下：图文教程1. 打开GraphPad ，点击Grouped选项, 在Options第二项中选择3，每组有3个重复，Create，创建一个新的File。...
2020-11-29 02:25:12
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转载 ggplot2绘图要素详解
一 ggplot2 背景介绍ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。按照ggplot2的绘图理念，Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)。本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。 数据（Data）和映射（Mapping） 几何对象（Geometric） 标尺（Scale） 统计变换（Statistics） 坐标系统（Coordin
2020-11-29 02:14:45
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转载 荧光定量 PCR 要点解析
一、荧光定量 PCR 原理荧光定量 PCR（Real-time PCR），是指在 PCR 扩增反应体系中加入荧光基团，通过对扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。以探针法荧光定量 PCR 为例：PCR 扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。开始时，探针完整地结合在 DNA 任意一条单链上，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收，检测不到荧光信号；PCR 扩增时，Ta...
2020-11-28 18:08:51
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转载 让论文摘要更出彩的十条建议
摘要就像电影预告片提供全片预告与要点并让观众决定是否要进戏院看完整部片。很多期刊编辑部都是根据摘要筛选稿件的，如果你的摘要无法在第一时间抓住编辑的眼睛并留下好的第一印象，你的稿件很有可能在技术审查阶段就被拒绝。甚至，在英文论文发表之后，论文摘要通常是第一或是唯一读者能在网络搜寻到的，他们只有在看过摘要被吸引后才会进一步阅读全文。怎么把整个科研论文的要点（为什么进行这项研究、研究目的为何、如何达成目标、主要研究发现等）写在仅有 200 到 300 字的段落里？文章...
2020-11-28 00:28:54
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转载 转录调控必知数据库ENCODE，介绍及使用方法
按照上图的展示，目前的ENCODE通过多种测序数据来反应基因组变化的过程，分别是通过 Hi-C 来观察三维基因组 ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后，进行分析后构建的自己数据库。文...
2020-11-28 00:24:48
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转载 微生物测序应该用16S 还是宏基因组？
基本简介一、16SrRNA16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管变异性再高，对于某些物种来说..
2020-11-28 00:12:09
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转载 小鼠繁育流程、要点及注意事项
随着生物医学的发展，体内实验已经成为高分文章的标配。小鼠作为最常见的模式动物已被广泛的运用在科学研究中。然而很多小伙伴在买回小鼠后都涉及到了繁殖的问题，那么我们就来详细的了解一下小鼠的繁育常识及注意事项吧！小鼠属脊椎动物门、哺乳纲、啮齿目、鼠科; 小鼠属。来源于野生小家鼠，1800年开始用做实验动物，1909年通过近亲交配培育成DBA小鼠，1913年出现白化的BALB/c小鼠。我国小鼠品种常用的为昆明小鼠（KM），系1946年由印度引入昆明后又分散到各地。繁育常识文章...
2020-11-27 23:48:10
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转载 常见细胞系的培养基类型及血清比例
细胞培养基是动物细胞培养中不可缺少的部分，但是培养基的种类很多，对于不同的细胞类型及其研究目的，采用合适的培养基进行细胞培养才能起到很好的效果。哺乳动物细胞常见类型及培养基种类文章剩余内容<<<<...
2020-11-27 14:31:22
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转载 如何培养原代细胞？
原代细胞培养也叫初代培养，是建立细胞系的第一步，其步骤包括取材→分离→培养和维持，今天小编给大家带来原代细胞培养的一些技巧，希望大家能有所收获！原代细胞培养原代细胞培养的应用1、为研究生物体细胞的生长、代谢、繁殖提供有力的手段；2、为传代培养创造条件；3、服务于临床实践，用于药物筛选等。文章剩余内容<<<<...
2020-11-26 17:22:49
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转载 完全掌握！超详细GSEA教程！
GSEA定义Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集(可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵 (也可以是排序好的列表)，软件会对基因根据其与表型的关联度(可以理解为表达值的变化)从大到小排序，然后判断基因集内每条注释下的基因是否富集于表型相关度排序后基因表的上部或下部，从而判断此基因集内基因.
2020-11-26 17:04:22
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转载 综述：斑马鱼模型在选择性自噬研究中的多功能性
2020年11月24日，佐治亚州立大学生物系Taras Y.Nazarko课题组在《Autophagy》（2019 IF：9.770）上发表题为“Selective Autophagy: the Rise of the Zebrafish Model”的综述文章。在这篇综述中，作者阐述了斑马鱼如何帮助我们理解选择性自噬的过程，通过提供体内平台在生物体水平上研究它们，并强调了斑马鱼模型在选择性自噬领域的多功能性。DOI：10.1080/15548627.2020.1853382选择...
2020-11-26 16:23:36
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转载 宏基因组网络分析工具MetagenoNets
什么是MetagenoNets？MetagenoNets的名称源于微生物网络生物学中的两个非常普遍的需求：1）根据环境（例如疾病状态）的丰富程度推断其“微生物关联/网络”2）根据全面的“元数据”，对所有小组级别（例如健康、对照、感病）的网络进行分别分析；推断与“连续元数据类别”和所有组间关联的相关性（给定相同环境的二级组间丰度概况）。当前的局限性和挑战是什么？ 冗长的工作流程，需要进行丰富的配置文件、推断见解和可视化： 典型的工作流程涉及（a）数据过滤以去除虚假或不相关的..
2020-11-26 16:03:30
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转载 细胞信号通路详解：B细胞受体复合物
淋巴细胞是在血液中循环的五种白细胞之一。虽然成熟的淋巴细胞看起来都很相似，但它们的功能却非常不同。最丰富的淋巴细胞有：B淋巴细胞(通常称为B细胞)和T淋巴细胞(也称为T细胞)。B细胞不仅在骨髓中产生，而且在那里成熟。每个B细胞都是针对特定抗原的。结合的特异性存在于抗原的BCR(B细胞受体)中。它们是完整的膜蛋白，以成千上万个相同拷贝的形式暴露在细胞表面，是在细胞遇到抗原之前产生的。B细胞受体复合体通常由一个抗原结合亚基(膜免疫球蛋白或MIg)和一个信号单元组成，抗原结合亚基由两个IgHs(免..
2020-11-26 15:47:51
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转载 “预后meta分析”要提取数据，原文没有怎么办？
预后meta分析一般来说要获得以下三类数据：（1）O-E（logrank Observed minus Expected events）和V（logrank Variance）；（2）lnHR（风险比的对数）和SelnHR（风险比对数的标准误）；（3）HR（风险比），HRL（风险比可信区间下限）和HRH（风险比可信区间上限）。有时候，原文没有提供时，可以从生存曲线中提取，下面介绍生存曲线中数据的提取的详细过程。所用工具：Engauge Digitize，美图秀秀，HR数据转换..
2020-11-24 17:24:33
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转载 Meta分析：What、Why and How
什么是Meta分析？Meta分析只是一种统计学方法。它把既往已发表的研究进行整合。Meta分析的地位以及证据等级是极其高的。处于证据金字塔的顶级。但是需要注意的就是垃圾进垃圾出的问题。所以好的Meta分析，应该有严格的操作规范以及需要对纳入研究进行严格的质量评估。我们为什么进行Meta分析？我们的诊疗决策不能给予单个研究。因为不同的研究，由于样本量的问题，所以混杂偏倚的问题。研究结果或多或少会存在一些差异。这个时候需要通过对文献的质量进行评估，然后合并，最终给予证据等级的评估和推荐。如.
2020-11-24 17:23:39
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转载 SCI文献引用注意事项
通过文献的阅读，我们确定了探究的课题；而通过文献的引用，我们论证文章的课题。由此可见，文献对于一篇SCI文章的重要性。可是，在一篇SCI文章中，哪些内容需要文献的引用？又应该如何正确的引用文献呢？一、SCI文章中哪些内容需要引用文献？(1)引言：只引用最相关的文献。尽管需要多少背景信息取决于读者，但是不要进行综述。只引用最近、最重要、一流的、尽可能接近第一手的文献。在合适的情况下考虑引用评述文章。(2)材料与方法：为研究中使用的材料或方法引用第一手文献，包...
2020-11-24 17:01:28
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转载 SPSS教程：数据不符合正态分布，如何统计描述
我们一般会在文献的统计方法部分看到这样的描述：对于数值变量，首先进行正态性检验，如果各组均满足正态性，采用均数（标准差）进行统计描述，采用t检验进行组间比较；否则采用中位数（四分位数间距）进行统计描述，采用非参数检验进行组间比较。当然，有的杂志要求非正态的数据统计描述写成中位数（第一四分位数-第三四分位数）或中位数（第三四分位数-第一四分位数）。四分位数（Quartile）是统计学中分位数的一种，即把所有数值由小到大排列并分成四等份，处于三个分割点位置的数值就是四分位数。...
2020-11-24 00:04:08
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转载 如何使用GraphPad Prsim 9展示亚组分析结果
在SCI撰写过程中，尤其是在做临床研究过程中，经常会遇到要做亚组分析，所以经常会在不同的SCI文章里面看到各种各样的亚组分析的展示形式。不同展示形式对于你的文章能不能接收，其实影响也是至关重大的。如果你能耳目一新的展示结果，绝对会给你的文章加分。今天我们一起看看，如何使用GraphPad 9.0只做森林图，完美展示亚组分析结果。选择column——start with sample data to follow a tutorial文章剩余内容<<<<...
2020-11-23 23:37:17
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转载 如何避免英文SCI论文写作时的语法误区
英语，像每一种语言一样，有基本的语法规则，标点符号，逻辑结构等。然而，英语也有许多其他独特的规则，例如句子不以数字开头。英语语法规则可以为一个目的而服务，也可以很随意。英语语法甚至可以在不同类型的文本中有所不同，例如，在学术写作中，通常不使用缩略否定形式“didn’t”，但在其他写作形式中，“didn’t”是完全可以使用的。尽管有许多英语写作指南，但在英语用法方面并没有唯一的权威。因此，虽然许多英语语法规则被用户普遍接受，但一些语法规则是争论的焦点，例如：Different from / Diff.
2020-11-23 23:30:19
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转载 血清标志物数据库推荐
对于一个疾病的诊断而言，其金标准都是病理检测等有一定有创性的指标检测，这种检测方法对于患者损伤极大，所以如果能在血液当中找到一个疾病相关的诊断指标的话，那对于诊断和随访而言就很有方便的。今天就给大家介绍两个用于筛选诊断标志物的数据库。AAgMarkers以及BBCancer,数据地址见文末AAgMarkersAAgMarkers是一个利用蛋白组芯片来寻找不同疾病之间血清学标志物的数据库。AAgMarkers目前支持12种疾病，分别是: 急性髓性白血病(AML)、阿尔茨海默病、基...
2020-11-22 23:47:06
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转载 数据库推荐，qPCR引物设计与评价
我们在做qPCR的时候首先需要的就是设计引物。设计引物的软件有很多的。而这次介绍的这两个MRPrimerW2是一个用来设计引物的软件。MFEprimer是一个可以用来评估引物质量的数据库。数据库地址见文末MPRrimerW2MPRrimerW2支持九个物种的引物设计网站。我们可以通过输入基因名/fasta序列格式来设计引物的数据库。另外这个网站可以一下子输入很多的基因，来一次性的设计很多基因的引物。同时网站对于引物的自定义还有更近一步的设置。这个方便我们设计出...
2020-11-22 23:45:55
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转载 SCI遇到这些难题也别慌张
当你不知道SCI写什么的时候，当你对怎么写SCI无从下手的时候，当你想写作SCI的时候，该怎么办呢？如果这些问题一样困扰着你的话，那么请认真阅读下文的内容。当你不知道SCI写什么的时候，那么唯一能做的事情便是查阅文献，从文献中确定适当的选题。查阅文献从教科书开始-找到自己最感兴趣的问题，查找相关综述，你会发现书上一些所谓的成熟观点，在综述中是“推测”，然后找原始文献，你会发现，有许多实验证据是在当时条件不够的情况下的初步探索。如果你发现这样的问题，一个流行观点没有使用目前、最新技术...
2020-11-22 21:39:47
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转载 脑脊液中脑部肿瘤相关突变的检测
对血液中游离DNA（circulating cell-free DNA, cfDNA）进行分析，从而在临床上用于肿瘤诊断、预后判断及用药指导等各方面的应用，已经展现出巨大的前景。但是由于血脑屏障的存在，对于脑部肿瘤患者，很少有报道在其血液中检测到特定的游离循环肿瘤DNA。目前对于脑部肿瘤的检测主要分为： 具有创伤风险的颅内组织活检 低风险的核磁共振成像 脑脊液的细胞学检查 后两种方法都不能提供肿瘤组织基因组水平变化的信息由于脑脊液（cere...
2020-11-22 21:38:34
721
转载 使用SnapGene绘制比较基因簇结构图
寻找原噬菌体1.1 PHAST打开PHAST （地址见文末），输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit.1.2 选择prophage选取PHAGE_Shigel_SfIINCBI BLAST比对2.1目标序列的比对通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。文章剩余内容<<<...
2020-11-21 16:34:23
2908
转载 如何查询一个基因和某一个通路的相关性？
前几天一个小伙伴问：怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法，供有相同需求的小伙伴参考。这里我们就假设我们想要查看ACE2和Cell Cycle信号通路之间有没有关系。对于这样的目的，我们第一步肯定是要查询两者在之前的研究当中是否有关系。1. 确定之前的研究结果对于之前研究结果的确定的话，我们可以通过genecards来查询。genecards当中总结了这个基因应该参与哪些经典的通路。在genecards里面汇总了KEGG等多个通路数据库当中的...
2020-11-21 16:21:43
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转载 发表SCI有什么好处？如何发表一篇SCI论文?
在科研道路上，发表SCI论文对科研工作者来说是一件很平常的事情。几乎所有科研工作者都想顺利发表SCI论文，到底发表SCI论文有什么好处，能让科研工作者如何向往呢？1.随着经济全球化，科学研究也日益全球化，SCI论文是进行国际科学交流的重要方式，也是使国际同行了解我们的主要渠道。2.发表SCI论文，可以向世界显示我国基础研究的实力，提高我国在世界科学界的地位。在世界著名刊物如Nature和Science上发表一篇重要文章，对于某一学科而言，其意义不亚于在国际体育比赛中取得一块金牌。...
2020-11-21 16:12:11
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转载 独立样本t检验
我们一般会在文献的统计方法部分看到这样的描述：对于数值变量，首先进行正态性检验，如果各组均满足正态性，采用均数（标准差）进行统计描述，采用t检验进行组间比较；否则采用中位数（四分位数间距）进行统计描述，采用非参数检验进行组间比较。今天，我们一起来看看独立样本t检验。1统计问题比较两组BMI是否有差异？2软件操作1、数据导入SPSS，设置measure，group为分类变量，设置为Nominal；bmi为数值变量，设置为Scale。...
2020-11-21 16:11:13
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转载 万字干货！收藏！SCI论文各部分的“套路”
本篇给大家讲解SCI论文各部分的写作原则，当然也少不了一些例句模板，方便大家套用在自己的论文写作中。题目和摘要首先会讲到SCI论文中最重要的两部分的写作——题目和摘要。为什么说这两部分重要，因为这是必看的两部分内容。我们自己看paper的时候都有体会，搜到一篇文章，先看看题目，然后决定要不要继续看摘要，再看看摘要，然后决定是立刻抛弃之找下一篇，还是下载下来看看里面有没有什么有用的内容。那么对于SCI杂志的编辑和审稿人也是一样，他们收到一个稿子，先看看题目，就会对这个文章有个初步的判断，再..
2020-11-21 15:47:03
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转载 一篇文章带你搞懂进化树
系统发育分析中，最重要和最常见的内容为构建系统发育树。系统发育树也称为系统发生树（phylogenetic tree）、聚类树或者进化树（evolutionary tree）。以树状结构表示各个节点的进化关系，枝点可以是物种、同一物种的样本、基因等单元。进化树中各个元素的介绍如图1所示图1 进化树的结构示意图根据是否指定了根节点，系统发育树可以分为有根树和无根树。有根树指定了根节点，树中可以看出各个节点的距离和祖先节点以后各个分枝分化的先后关系，因此可以用于分化时间的推断；..
2020-11-21 15:39:40
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转载 FBW7通过端粒脱帽介导肺纤维化和衰老
组织干细胞在压力下发生过早衰老，促进衰老相关疾病;然而，相关的机制尚不清楚。在这里，我们报道了E3泛素连接酶FBW7在应对辐射、氧化应激或博莱霉素时，通过端粒解开帽介导细胞衰老和组织纤维化。FBW7与端粒保护蛋白1 (TPP1)结合，促进TPP1多聚泛素化并加速降解，触发端粒脱帽和DNA损伤反应。过度表达TPP1或通过遗传消融、表观遗传干扰或拟肽端粒功能障碍抑制剂(TELODIN)抑制FBW7可降低小鼠肺泡AEC2干细胞群的端粒脱帽和缩短。过度表达TPP1或通过遗传消融、表观遗传干扰或拟肽端粒功能障碍抑制剂
2020-11-20 16:56:32
337
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