粗粒化反向映射-- Martini- Backward

下面是Backward所需的脚本、输入文件（D007_DEL.gro … tip3p.itp，共12个文件）、输出文件（最后三个文件）

[user@localhost backward-v5]$ ll
total 4576
-rwxrwxr-x. 1 user user   12167 Sep 23 23:16 initram-v5.sh
-rwxrwxr-x. 1 user user   31833 Sep 23 02:07 backward.py
drwxrwxr-x. 2 user user    4096 Sep 23 21:49 Mapping

-rw-rw-r--. 1 user user  453042 Sep 23 21:20 dynamic-2us.gro
-rw-rw-r--. 1 user user   52910 Sep 23 22:02 dynamic-2us-NOW.gro

-rw-rw-r--. 1 user user  249392 Sep 23 21:46 D007_DEL.gro
-rw-rw-r--. 1 user user  223919 Sep 23 21:45 D007_DEL.pdb
-rw-rw-r--. 1 user user 1527645 Sep 23 22:02 topol.top
-rw-rw-r--. 1 user user   85957 Sep 23 21:46 posre.itp

-rw-rw-r--. 1 user user   71373 Jun 24 05:01 ffbonded.itp
-rw-rw-r--. 1 user user    6003 Jun 24 05:01 ffnonbonded.itp
-rw-rw-r--. 1 user user     947 Jun 24 05:01 forcefield.itp
-rw-rw-r--. 1 user user    1948 Jun 24 05:01 gbsa.itp
-rw-rw-r--. 1 user user    2164 Jun 24 05:01 ions.itp
-rw-rw-r--. 1 user user     802 Jun 24 05:01 tip3p.itp

-rw-rw-r--. 1 user user  382305 Sep 23 22:44 aa_amber.gro
-rw-rw-r--. 1 user user   26632 Sep 23 22:43 backmapped.ndx
-rw-rw-r--. 1 user user 1527645 Sep 23 22:43 backmapped.top

Backward下载initram-v5.sh、backward.py、Mapping（文件夹）。两个脚本用chmod +x initram-v5.sh/backward.py，更改成可执行文件。

dynamic-2us.gro 是粗粒化模拟后产生的 gro 文件，去除水和离子后得到 dynamic-2us-NOW.gro

D007_DEL.gro、D007_DEL.pdb、topol.top、posre.itp是通过gmx pdb2gmx产生

下面6个 .itp 文件是gmx pdb2gmx对应力场中的文件，拷贝过来，修改topol.top，具体格式：

; Include forcefield parameters
;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp"  程序产生的，修改成下面一行，把“amber14sb_parmbsc1.ff/ ”删除掉
#include "forcefield.itp"


; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp" 	同上
#include "tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
;#include "amber14sb_parmbsc1.ff/ions.itp" 	同上
#include "ions.itp"

initram-v5.sh，修改后可用于gmx version 2021.1、 python 2版本，可用GPU进行计算，运行命令：

(python27) [user@localhost backward-v5]$ ./initram-v5.sh -f dynamic-2us-NOW.gro -o aa_amber.gro -from martini -to amber -p topol.top

参考：
martini 官方网站-backward
Martini粗粒化体系到全原子体系的反向映射