优化自定义函数_Rosetta FastRelax: 蛋白质结构优化

作者: 吴炜坤

参考1: https://www. rosettacommons.org/demo s/latest/tutorials/Relax_Tutorial/Relax
参考2: https://www. rosettacommons.org/docs /latest/application_documentation/structure_prediction/relax
参考3： https://www. rosettacommons.org/docs /latest/scripting_documentation/RosettaScripts/Movers/movers_pages/RelaxScript
教程资源位于:$ROSETTA/demos/tutorials/Relax_Tutorial

前言

FastRelax是Rosetta中优化结构的重要模块，可以用于消除晶体结构中的不合理构象，优化点突变设计的结构，以及比较多个不同结构的能量等。

在Rosetta力场下，FastRelax模块通过多次迭代进行氨基酸侧链重排以及能量最小化的计算来搜索给定三维结构的在局部能垒的最优构象。在每轮迭代中，程序脉动式地升高和降低范德华排斥力部分的权重，使得侧链构象不断地坍塌和膨胀，使之能够逃离局部能量区域，进入新的能量极小值点。

FastRelax的计算原理:

一张图看懂FastRelax在做什么: