本文详细解析hisat2映射软件的输出，主要分为合理映射、不合理映射和单mate映射三部分。合理映射指reads对按正确方向和位置映射到基因组，包括唯一和多位置映射。不合理映射则包括方向错误的映射和完全无法映射的情况。单mate映射是指一对中只有一个mate能映射。总体映射率计算为成功映射的mate数量除以所有mate总数。参考了两篇相关博客资源。
理解hisat2软件给出的mapping的总结，这部分总结分为三个部分：
第一个部分是成对的reads能够合理的mapping在基因组上，什么是合理的mapping？ 成对的reads都是有方向的，有位置的，合理的mapping指的是这些reads对能够按照reads的坐标mapping到基因组的坐标上，包括mapping了仅一次，或者reads对mapping了多次，这都是合理的mapping。
第二部分是不合理的mapping，不合理的mapping指的是这些reads对没有按照reads的坐标进行mapping， 比如方向不对，这部分中mapping中有些reads对能够mapping上，尽管方向不对，比如read1 mapping到了基因组的（5'>3') read2,也是mapping到了基因组的（5'>3'), 他们可能在基因组上mapping上一次或者多次；还有一部分就是reads对完全不能mapping上，方向不对也mapping不上。
第三部分：上面成对的reads除外，剩余的成对reads，他们的reads单个的mate能够mapping上，当然有的1个reads的一个mate能够mapping上，另一个mate mapping不上，有的mate能够mapping到多个位置。
下图是一个mapping的结果总结：
21532571 reads; of these:
###第一部分
21532571 (100.00%) were paired; of these:
2112632 (9.81%) aligned concordantly 0 times
18862458 (87.60%) aligned concord
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