理解hisat2软件给出的mapping的总结,这部分总结分为三个部分:
第一个部分是成对的reads能够合理的mapping在基因组上,什么是合理的mapping? 成对的reads都是有方向的,有位置的,合理的mapping指的是这些reads对能够按照reads的坐标mapping到基因组的坐标上,包括mapping了仅一次,或者reads对mapping了多次,这都是合理的mapping。
第二部分是不合理的mapping,不合理的mapping指的是这些reads对没有按照reads的坐标进行mapping, 比如方向不对,这部分中mapping中有些reads对能够mapping上,尽管方向不对,比如read1 mapping到了基因组的(5'>3') read2,也是mapping到了基因组的(5'>3'), 他们可能在基因组上mapping上一次或者多次;还有一部分就是reads对完全不能mapping上,方向不对也mapping不上。
第三部分:上面成对的reads除外,剩余的成对reads,他们的reads单个的mate能够mapping上,当然有的1个reads的一个mate能够mapping上,另一个mate mapping不上,有的mate能够mapping到多个位置。
下图是一个mapping的结果总结:
21532571 reads; of these:
###第一部分
21532571 (100.00%) were paired; of these:
2112632 (9.81%) aligned concordantly 0 times
18862458 (87.60%) aligned concord