BBtools安装和使用

参考：生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (1) - 简书 

BBtools安装

进入网址：Download BBMap

点击安装

放到服务器中

tar -xvzf BBMap_39.06.tar.gz
#测试安装
bash ~/bbmap/stats.sh in=~/bbmap/resources/phix174_ill.ref.fa.gz
#发现java没安
java -version
#安装java
sudo apt install default-jdk
java -version
#openjdk version "11.0.21" 2023-10-17
whereis java
#/usr/bin/java
vim ~/.bashrc
#添加下列到~/.bashrc并保存
export PATH=$PATH:/usr/bin/java
source ~/.bashrc
#再试一次
bash ~/bbmap/stats.sh in=~/bbmap/resources/phix174_ill.ref.fa.gz

安装成功 

stats.sh和statswrapper.sh

用于统计reads或者assembly基本的信息

stats.sh in=123.fastq
statswrapper.sh *.fastq

 pileup.sh

用于计算scaffold的覆盖率，需要没有sort过的bam 或者 sam 的格式的文件作为input 

 pileup.sh in=test.sam out=test.out

 

Reads：读数，表示测序得到的序列的数量，这里是66234。
Mapped reads：映射读数，表示能够映射到参考序列的读数的数量，这里是57247。
Mapped bases：映射碱基，表示映射到参考序列的碱基的总数，这里是8587050。
Ref scaffolds：参考序列的数量，这里是9。
Ref bases：参考序列的碱基总数，这里是41030279。
Percent mapped：映射百分比，表示读数中能够映射到参考序列的百分比，这里是86.431%。
Percent proper pairs：正确配对的百分比，表示在配对末端序列中，两个序列都能正确映射到参考序列的百分比，这里是0.000%。
Average coverage：平均覆盖度，表示每个参考序列碱基被平均覆盖的次数，这里是0.209。
Standard deviation：标准差，表示覆盖度的变异程度，这里是0.583。
Percent scaffolds with any coverage：有任何覆盖度的参考序列的百分比，表示至少有一个读数映射到的参考序列的百分比，这里是100.00%。
Percent of reference bases covered：覆盖的参考序列碱基的百分比，表示至少被一个读数覆盖的参考序列碱基的百分比，这里是15.45%。

readlength.sh

统计read的平均长度，总长度等数据信息

kmercountexact.sh

计算文件中unique kmers的数量。生成kmer频率直方图和基因组大小估计。

bash kmercountexact.sh in=A1.1.fastq in2=A1.2.fastq out=kmer_test.out khist=kmer.khist peaks=kmer.peak

bbmerge.sh

 合并双末端序列，比如16s数据

bbmerge.sh in1=<read1> in2=<read2> out=<merged reads> outu1=<unmerged1> outu2=<unmerged2>

BBduk使用

time bash bbduk.sh in1=F1.raw.1.fq.gz in2=F1.raw.2.fq.gz out=BBduk_F1.fq.gz \
qtrim=rl trimq=30 -Xmx435g t=180 ktrim=r k=23 mink=11 hdist=1 tpe tbo prealloc ftl=10 ftm=5 maq=10 ref=adapters.fa,/phix_adapters.fa