NCBI blast 数据库本地安装

blast软件安装

从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。下载2.16.0 linux版本,下载并解压,解压之后BLAST就安装好了。用户需要设置环境变量,目的是为了告诉系统在哪里可以找到安装好的BLAST软件。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz.md5

md5sum -c ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz.md5
tar -zxvf ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz
#加入到环境变量
export PATH=$PATH:$PWD/ncbi-blast-2.16.0+/bin
nt/nr fasta下载

从NCBI(

### BLAST 工具本地安装与使用 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)作为一种重要的生物信息学工具,广泛应用于基因和蛋白质序列的比较研究中[^3]。对于希望在本地环境中部署这一强大资源的研究人员来说,了解其具体的安装过程以及基本操作方法至关重要。 #### 安装准备 为了顺利安装BLAST,在开始之前需确认计算机已具备必要的软件环境支持,比如Linux操作系统下的GCC编译器套件等开发工具链;Windows用户则可能需要借助Cygwin或者WSL(Windows Subsystem for Linux)来创建兼容Unix风格命令行界面的工作空间。此外,还需确保有足够的磁盘空间存储程序文件及其依赖库。 #### 下载与解压 访问NCBI官方网站获取最新版本的BLAST+发行包链接,下载完成后将其放置于目标目录下并通过tar命令完成解压缩工作: ```bash wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz ``` 上述指令适用于类Unix平台上的操作流程演示。 #### 配置环境变量 为了让系统识别新安装的应用程序路径,建议编辑`~/.bashrc`或其他shell配置文件加入如下语句以便永久生效: ```bash export PATH=$PATH:/path/to/your/ncbi-blast/bin source ~/.bashrc ``` 这里/path/to/your/ncbi-blast应替换为实际存放解压后BLAST二进制可执行文件的具体位置。 #### 基本命令介绍 成功设置好运行时环境之后就可以尝试调用一些简单的查询功能了。例如利用`blastn`子命令实现核苷酸间相似度匹配: ```bash blastn -query input_sequence.fasta -db nt -out output_results.txt -evalue 1e-5 ``` 此例子展示了如何指定待处理FASTA格式输入文档作为参数传递给算法引擎,并指定了非冗余核酸数据库(nt),最终输出结果保存至文本文件当中同时设置了E-value阈值控制显著性水平。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值