IF=48.8，多模态深度学习的泛癌症组织病理学-基因组分析

最新推荐文章于 2025-04-30 15:03:34 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_59164520/article/details/143346855

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这篇论文的标题是《Pan-cancer integrative histology-genomic analysis via multimodal deep learning》，由Richard J. Chen等人撰写，发表在《Cancer Cell》期刊上。论文的主要内容是介绍了一种使用多模态深度学习技术整合病理切片图像和分子特征来预测癌症预后的方法。这种方法还提供了多模态可解释性，以阐明形态学和分子预后相关性。

一、文章概述

这篇文章介绍了一种创新的多模态深度学习框架，用于整合病理全切片图像和分子数据，以预测多种癌症类型的患者预后。研究团队开发了一个名为PORPOISE的平台，它结合了注意力机制的多实例学习和自归一化网络，来分析来自14种不同癌症类型的数千个患者的数据。这个平台不仅提高了预后模型的准确性，还通过模型解释性分析，揭示了影响患者生存的形态学和分子特征。

二、核心创新点‍‍

多模态深度学习框架：提出了一个新颖的多模态深度学习框架，能够整合病理切片图像和分子特征数据，这在癌症预后分析中是相对少见的。
弱监督学习算法：开发了一种弱监督的多模态深度学习算法，可以在只有有限标注信息的情况下，如仅使用患者的生存时间作为标注，来训练模型。
多模态特征融合：通过Kronecker积融合病理图像和分子数据，这种融合方法能够捕捉两种模态之间的复杂交互作用。
模型可解释性：提供了一种多模态数据融合的可解释性分析方法，这在深度学习模型中尤为重要，因为它可以帮助研究者和临床医生理解模型的预测依据。
交互式开放访问数据库：创建了一个交互式、开放访问的数据库，允许研究人员和临床医生进一步探索、发现生物标志物和评估特征，这增加了研究的透明度和可重复性。
跨癌症类型的泛化能力：该研究涵盖了14种不同的癌症类型，显示了模型在多种癌症中的泛化能力，这在以往的研究中不常见。
预后模型的改进：通过多模态数据融合，相比于单独使用病理图像或分子数据的模型，预后模型的性能得到了显著提升。
计算病理学的应用：该研究推动了计算病理学领域的发展，特别是在自动化诊断和肿瘤微环境特征量化方面。
新生物标志物的发现：通过多模态数据融合和可解释性分析，该研究有助于发现新的预后生物标志物，这对于癌症治疗和药物开发具有潜在价值。

三、实验结果

A展示了使用多模态算法处理数字化的高分辨率H&E染色的组织切片（WSIs）和相应的分子数据的流程。
B至F描述了如何利用注意力和归因解释性来评估所有患者预测标记物的过程。

A展示了通过MMF对所有14种癌症类型的低风险和高风险患者进行Kaplan-Meier分析。
B展示了SNN、AMIL和MMF在每种癌症类型中的c-Index性能比较。
C展示了14种癌症类型中WSI归因分布的情况。

A至C展示了KIRC的模型性能、局部模型解释和全局可解释性分析。
D展示了SNN和MMF在KIRC中识别出的免疫相关和预后标记物。

A至C展示了KIRP的模型性能、局部模型解释和全局可解释性分析。
D展示了SNN和MMF在KIRP中识别出的免疫相关和预后标记物。

A至C展示了LGGs的模型性能、局部模型解释和全局可解释性分析。
D展示了SNN和MMF在LGGs中识别出的免疫相关和预后标记物。

A至C展示了PAAD的模型性能、局部模型解释和全局可解释性分析。
D展示了SNN和MMF在PAAD中识别出的免疫相关和预后标记物。

上图展示了在预测的低风险和高风险患者中肿瘤浸润性淋巴细胞（TIL）的存在情况。

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