生信分析之数据处理（一）bcl2fastq

没用的阿Jee

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分类专栏：笔记文章标签：命令模式

于 2021-10-19 10:53:35 首次发布

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本文介绍了如何在不进行任何环境配置的情况下，通过unzip和rpm命令轻松安装bcl2fastq软件。详细步骤包括解压安装包、使用rpm命令安装，并给出了执行bcl2fastq转换bclData数据到fastq格式的具体命令。此外，还提到了使用conda作为另一种安装选项。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

收到zip过的RPM压缩包，unzip后进行安装，输入rpm -iv example.rpm 完成安装即可bcl2fastq了
收到zip过的bcl2fastq rpm安装包，首先unzip安装包，再用rpm -iv example.rpm完成安装即可。看到其他教程需要配置环境，目前未做任何配置，可直接bcl2fasq -v启动程序。需要注意的是rpm包需要管理员权限安装。

bclData数据rar解压缩 rar x data.rar /pwd/dir 后，执行以下命令即可完成bcl to fastq
bcl2fastq -R /pwd/bcldata -o /pwd/fastqdata -r 64 -p 64 -w 64 --no-bgzf-compression --no-lane-splitting --sample-sheet /pwd/SampleSheet.csv

发现可以用conda安装
conda install -c dranew bcl2fastq