1、测序原始数据的获取和质控

NCBI的SRA数据库下载

1、下载安装对应的工具（服务器第一次操作需要这一步）

按照以下步骤安装SRA Toolkit：

Download - NCBI (nih.gov) 点击进入Download Tools

SRA Toolkit下点击download

传输到Linux服务器

要解压和安装 sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz，请按照以下步骤进行操作：

打开终端，使用以下命令解压文件：

tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz -C /home/sjtu/software

进入解压后的目录：

cd sratoolkit.3.0.7-ubuntu64

2、下载命令

如果找不到prefetch，用命令查找，然后将下列代码替换为对应位置

/home/sjtu/software/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch SRR18215868

数据处理，

/home/sjtu/software/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-files SRR18215868

发现，在根目录下出现两个测序文件。

批量下载准备一个每行是一个SRR号的文件，然后循环下载。

mv *.fastq file #指定文件夹