Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据

最新推荐文章于 2024-06-20 15:32:34 发布
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分类专栏： Mac
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本文链接：https://blog.csdn.net/melodyhaya/article/details/83059424
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本文介绍了在Mac操作系统中，如何利用Aspera Connect工具全速下载大型NCBI SRA文件。步骤包括下载安装SRA Toolkit和Aspera Connect，以及使用prefetch命令进行高效下载。用户需要将ascp和asperaweb_id_dsa.openssh文件路径设置为个人电脑的相应路径，并从NCBI库中导出SraAccList.txt文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Mac下使用Aspera Connect全速下载大型NCBI文件的方法

1，下载安装SRA Toolkit Documentation

SRA Toolkit 下载

2，下载安装Aspera Connect的dmg文件

Aspera Connect

3，建议使用prefetch命令下载

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[Mac]R入门 一
Melody‘s notebook
04-08 1744
1，安装R，IDE使用RStudio。先看Leada的R免费课程2，快捷键Tab，自动补齐Command + up，自动补齐。在Console中，同时按住这两个键，显示出之前使用命令列表Command + Enter，运行当前行Control + Enter，选中要运行的行，可多行运行。3，working directorygetwd(), 获取工作目录setwd(), 设定工作目录setwd("...
IBM Aspera Connect-crx插件
04-03
语言:English (United States) 启用高速FASP传输。 此扩展允许将IBM Aspera Connect与Chrome结合使用。 此扩展需要3.9.0或更高版本的IBM Aspera Connect应用程序。 隐私声明：此扩展仅由集成IBM Aspera来传输文件的网站激活。 该扩展名不读取或存储任何个人信息。
aspera在mac和win下的使用命令整理
zd200572的博客
04-08 6397
这两天在用mac下载ena的fastq数据，发现aspera connect，windows和mac版本的死活不会用呢，于是就学习了一下，发现一样是可以使用命令行的，这里是mac的，后面再整理下win的。 Mac的命令，找的比较辛苦 /Users/zd200572/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources cp asperaweb_...
【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本
最新发布
weixin_48076899的博客
06-20 3735
由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。
aspera安装指南-部分
02-02
aspera软件的安装过程指南，带截图，这是其中一部分
# MAC OS系统通过aspera上传数据到NCBI
JinJiamin9的博客
09-09 2039
3.下载ncbi给的密钥文件，复制一下ncbi给的代码，替换密钥的绝对路径和文件储存的绝对路径。注意：要注意的是想要运行aspera必须要使用绝对路径，不能cd到bin目录直接使用。2.安装完成后,打开mac的终端，上传数据。
NCBI基因组下载工具（最终版？）
LSD_1943的博客
07-27 1562
搁置了很久的项目，趁着最近有空终于把它给做完了，完结撒花🌸项目链接如下，在Linux系统下运行最佳（Mac可能在使用Rsync会有问题）该脚本便于从 NCBI Genank/Refseq 上批量下载基因组数据，可以根据需求选择下载格式，采用Rsync工具并行下载。
（DownLoad）Aspera——ascp下载SRA数据
qq_40966210的博客
02-25 1846
下载Aspera Connect： > 软件安装下载的方式有两种 第一种，直接从官网下载，然后解压安装（mac电脑我用的是这一种） curl -O http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz # 这里要注意一下，我使用的是zsh编译，如果是正
aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据
weixin_34697393的博客
05-06 1099
一、下载安装Aspera ConnectLinux系统下的Aspera Connect安装(Windows下的Aspera Connect安装参考)。查看最新版本的Aspera - High-speed file transfer software - aspera connect https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?listmkdir ...
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
weixin_35329035的博客
04-29 1036
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-cent...
Ubuntu16.04下利用Aspera下载NCBI-SRA库基因数据
JuliusJO的博客
12-20 1663
最近的研究是关于基因数据的压缩，于是就需要搞一些原始数据用于实验，不过WGS数据一般都很大，好在有神器Aspera能够帮助文件下载，不过Aspera第一次用着实遇到不少坑，不过好在最后成功了，以下是全过程： 首先，是关于NCBI-SRA数据库的介绍，可参考：https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413 其次，是有关Aspera的介绍和如何安装：https://b...
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weixin_28916013的博客
05-12 1219
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如The data from this study was deposited in NCBI Sequence Read Archive under accession SRA: SRP114962.。NCBI的SRA (Sequence Read ...
用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据
Keep Learning
01-13 1万+
用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据： 一. window 1.下载地址： http://downloads.asperasoft.com/connect2/ 2.安装很简单，略 3.下载： 数据下载地址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/1000genomes/
aspera connect使用的问题
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aspera connect使用的问题： 为何ascp老是报错？ 网络的问题？ hadoop@Mcnode1:~/.aspera/connect/etc$ ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:1GB ./
菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用
hs6605015的博客
09-18 3200
sra toolkit是ncbi上将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具。 1.下载/调用 SRA Toolkit 可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。我查看了一下主机的linux为redhat类型，没找到这个类型的版本，又去服务器看了一下其他人的sratoolkit版本，都是centos_linux，因而选择这个版本应该是合适的。 wget htt...
SRAToolkit 安装与使用
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ubuntu安装sra-toolkit
05-10
SRA Toolkit是一个用于NCBI SRA（Sequence Read Archive）数据的命令行工具集，可以用于下载、转换和处理SRA数据。以下是在Ubuntu系统中安装SRA Toolkit的步骤： 1. 打开终端，输入以下命令以下载SRA Toolkit： ``` wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ``` 2. 解压下载的文件，输入以下命令： ``` tar -xzf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ``` 3. 进入解压后的目录，输入以下命令： ``` cd sratoolkit.current-ubuntu64/bin ``` 4. 运行以下命令以测试SRA Toolkit是否正常工作： ``` ./fastq-dump --version ``` 如果安装成功，将显示SRA Toolkit的版本信息。
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