PharmMapper: 基于配体药效团的在线“反向钓靶”工具

本期为大家推荐一款实用的在线应用 ——PharmMapper，它能助力反向找靶。假如你手中有一个活性分子，却不清楚其作用靶点，借助 PharmMapper，就能找到一组潜在可能性较高的靶点。

说到反向找靶，大家首先想到的可能是反向对接技术。然而，反向对接在找靶时，计算量往往较大。PharmMapper 另辟蹊径，采用药效团匹配的方式，大大加快了反向找靶的进程。
药效团，是药物分子中对药物与受体（靶点）相互作用起关键作用的一组原子、基团及其空间排列。依据化学结构特征，药效团可分为疏水、正电荷中心、负电荷中心、氢键供体、氢键受体、芳香中心等类型。这些特征不仅存在于小分子结构内，由于受体结合口袋由氨基酸侧链环绕而成，因而也可能出现在受体结合口袋中。
PharmMapper 的运作思路十分巧妙：它预先计算好所有蛋白活性口袋的药效团特征。用户上传活性小分子后，仅需计算该小分子的药效团。随后，将小分子的药效团与蛋白活性口袋的药效团进行匹配并打分，最终保留打分排名靠前的受体，为确定小分子的作用靶点提供极具价值的线索 。

网站地址：https://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/submitfile.html

使用教程

1. 上传活性分子的文件

支持mol2和sdf格式的文件.

按照上图准备好后点击Continue。

2. 选择需要筛选的靶点库

该工具提供了四个靶点库，每个库的蛋白数量不同，数量越多耗时越久。
你可以将鼠标悬停在❓处来查看预计的运行时间。

按照上图准备好后点击Submit运行。

等待几个小时后你的邮件会受到结果链接，从邮件中点击链接查看结果页面。

3. 查看结果

结果返回了可能性最大的300个潜在靶点。

在每个靶点信息最左边有➕，点击后可以查看药效团详细的匹配信息

如下图所示，表格中列出了当前靶点的活性口袋内的药效团与活性分子药效团的匹配个数以及匹配打分。下方给出了各类药效团特征的计数，不同的颜色表示不同类别的药效团，与右方的3D视图的颜色一一对应。

点击Molecule and Pharmacophore Model可查看上传的活性小分子的药效团。

点击Molecule and Molecular Features可查看上传的活性小分子的所有分子特征（不是所有的分子特征都有成药贡献）。

点击Pharmacophore Model and Molecular Features可同时查看活性小分子的药效团和分子特征。

点击Reset to original view可查看所有的药效团及分子特征（包括活性口袋中的“排阻体积”）

补充知识：蛋白活性口袋由残基侧链环绕形成，在这些侧链结构里，诸多基团有可能成为潜在的药物结合位点。然而，更多的基团并不具备药物结合能力，在这种情形下，它们仅能产生一种作用——空间位阻。所以，针对蛋白口袋中的药效团，通常需要额外增添“排阻体积”这一特征，该特征恰恰发挥了空间位阻的作用。下图中处于空白区域中的大的灰色球体就是排阻体积。