从maker-P结果中筛选完整CDS

最新推荐文章于 2022-07-18 16:48:11 发布
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分类专栏： 生物信息 生物 python 文章标签： 基因组-生物信息学 python
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本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52562288
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本文介绍如何利用Python解析maker-P的输出结果，筛选出基因组中的完整编码序列（CDS），涉及生物信息学中的基因预测和序列分析技巧。
摘要由CSDN通过智能技术生成 
>maker-lcl|TGACv1_scaffold_433174_5DL_UN109209-exonerate_est2genome-gene-0.0-mRNA-1 transcript offset:19 AED:0.00 eAED:0.00 QI:19|1|1|1|0|0|3|270|77
GGATGTTGCTACTTGCTAGATGGAAATGGAAACATGCAAGTTGGAACTTCCTGCTCAGAA
CAATCTTTCAAAATTTGAAAGGACATCAACAATGTCAACTGGAGAGGCTAGTAGCAGCTG
TGGCATGCTCACGAGAGCAAACATGAAGAAGCATGGTTCTGGGAGGTCTCCGCCGCCTCC
TGAACGAGTGATGTTTGGGAAGCAAAAGCAAAAGGAGGTCCAGGAGACACACCCAATAAA
GAAGAAATCCTAATCTTTGACGAATTATAGGTGGAAAAAGGATTCACCTTTCCACGAAAG
AAGATTAAGATAGACTGCCTGGGATTTTTGTCACCTCCACGAAAGAAGTTTAAAGATGGA
CTGACTGGGATTTTGTCACCTCCACGAAAGAAATTTAAGATGTACTGAAAATCTCCGCCA
CCTTCCCAGGAAAGAAGTAAATGGATTGAACATACTTACTGTAAATGTTCAAGACTAAAG
TGTGATTTATATCCGTCAGTTTGCTATAAGAAATAGTAAACAT
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.index('unigene_seq_3_target_TGAC.all.maker.transcripts.fasta', "fasta")
f7 = open('unigene_seq_3_target_TGAC.all.maker.uncomplete.CDS.fa'
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