BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做?

本文总结了BSA(Bulked Segregant Analysis)技术在定位基因后,如何缩小候选区间和进行后续验证的方法。包括结合遗传图谱、开发分子标记、RNA-seq结果和相关文献报告。验证方法涉及CAPs、RNA-seq、转基因实验和蛋白质水平检测。同时,通过分析两个高分研究案例,探讨了在BSA结果较大区间时如何通过加密标记和重组事件来精细定位候选基因。
摘要由CSDN通过智能技术生成

导语:又是一周打工人的开局,小编又来啦,来兑现上一专题说的BSA定位后的缩小候选区间&相关实验内容整理哟~

缩小候选区间的方法总结如下:

☑ 与遗传图谱结果相结合,基于表型数据,进行QTL定位,与BSA结果相结合;

☑ 开发SNP或者InDel分子标记,通过大群体性状与分子标记的共分离缩小候选区间;

☑ 结合RNA-seq结果,选取具有显著差异表达的或某显著富集通路上的基因作为候选基因。

☑ 结合相关性状的文献报告,基于序列同源、基因的功能或者相关突变类型(如EMS),锁定候选基因;

后续验证方法总结有:

☑ 将候选标记转化为CAPs(dCAPs)、凝胶电泳或者一代测序进行验证;

☑ 基于RNA-seq的差异表达分析,看基因是否有显著表达差异;

☑ 转基因验证基因功能,如基因敲除,过表达、RNAi等;

☑ RT-PCR验证候选基因的表达模式。

☑ 蛋白质水平检测基因表达:选择相应的组织以WB等检测目的蛋白的表达。

先来一个科研人员关心的内容吧—看看BSA具体发表的文章,看到这么多IF,是不是眼馋的很,原来BSA小可爱也能发大文章。下面我们一起捋捋,借鉴借鉴吧,也许下个高分文章就是你!

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学习高分文章研究思路—做到开题心中有数:

1、如果你的传统定位实验由于标

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