ISME Commun：RNA-seq助力发现菌群收敛新机制

近期，派森诺生物与华中农业大学资源与环境学院高春辉老师合作，在Nature子刊ISME Communications发表了题为《Emergent transcriptional adaption facilitates convergent succession within a synthetic community》的文章，该论文研究内容在菌群收敛机制方面取得了新的进展。

研究背景

收敛现象在菌群的演替过程中十分常见，但是其潜在的分子机制尚不清楚。因此我们在肉汤培养系统中组建了一个相对封闭的环境，对由两种物种组成的群落收敛现象进行了时间梯度上的转录组分析。通过基因表达分析和群落结构监测，我们发现基因表达主要在前期发生变化，而群落结构在后期发生显著变化。基因表达在开始时就发生了显著的变化，称为“零时效应”，说明物种互作对基因表达的影响是不可避免的。此外，互作对基因表达的影响具有“群体效应”，即多数物种对少数物种基因表达的影响大于少数物种对多数物种基因表达的影响。基因集富集分析显示，在总共63条特殊的途径(占两个物种全部代谢通路的约50%)中，40条(63%)被持续抑制，16条(25%)被条件激活，只有7条(11%)被持续激活。因此，我们提出微生物响应和诱导的基因表达变化在群落演替过程中起重要作用。

分析内容

收敛是生物进化的共同特征，对微生物群落的演替有重要影响。对于肠道、土壤、沉积物、根际、叶际等天然微生物群落，收敛一般是指不同群落向相似的物种趋同，并伴随物种的丧失和获取。

本研究以大肠杆菌K-12和恶臭假单胞菌KT2440组成了一个合成菌群体系，以此来演示菌群收敛的过程。在单独