pmoA+16S测序+qPCR溶洞甲烷氧化菌的分布

近期，派森诺与中国地质大学合作，在美国微生物协会（ASM）旗下的《Microbiology Spectrum》发表论文，研究了甲烷氧化细菌与细菌总群落在溶洞中的组成与分布，并通过QIIME 2分析和模块化关联网络的构建，揭示了微生物与环境因子、以及微生物与微生物之间的互作关系，对甲烷氧化菌的多样性和组成丰度、以及地下溶洞中的细菌群落和微生物相互作用有了新的认识！

一、研究背景

溶洞是具有稳定的温度、高湿度、寡营养以及一定地理隔离的极端环境之一。溶洞中甲烷的浓度始终低于大气水平，是大气甲烷潜在的汇集库。这种现象的产生，目前被认为主要与甲烷氧化细菌（MOB）的消耗有关。大气甲烷氧化细菌（atmMOB）对甲烷具有较高的亲和力，并且在系统发育上与USCγ和USCα相关联。甲烷浓度梯度作为微生物甲烷氧化的直接底物存在于许多洞穴中。然而，广阔栖息地atmMOB的群落组成以及甲烷浓度如何影响地下洞穴中的atmMOB群落仍然是一个谜。为了解决这一系列问题，本研究采集了桂林市三个溶洞风化岩样对其进行深入探究。

二、研究方法

实验对象：

风化岩石样本（W）和风化地壳样本（C）

测序方法：

Illumina MiSeq平台，pmoA功能基因+16S rRNA基因V3V4区

实验设计：

从中国西南部广西省桂林市的三个不同洞穴（盘龙洞：PLD、罗汉渡洞：LHD、新村屯洞：XCT）的中部（1）和末端（2）对风化地壳和岩壁下的风化岩石进行取样。每个地点采集3个地壳和风化岩样本；同时收集各洞穴中空气样本并测定温度。通过对样本进行pmoA和16S r