celldex包使用

最新推荐文章于 2024-07-11 12:50:47 发布

qq_27390023

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文章标签：生物信息学 r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/121579485

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这篇博客介绍了如何利用R包celldex获取和使用参考表达数据集，这些数据集包含细胞类型标签，适用于单细胞和批量RNA序列数据的自动注释或反卷积分析。通过示例代码展示了如何加载和查看不同数据集的细胞类型信息。

摘要由CSDN通过智能技术生成

celldex包提供一组参考表达数据集，这些数据集带有精确的细胞类型标签，用于单细胞数据的自动注释或批量RNA序列的反卷积等过程。

官方R代码

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("celldex")

## ---- echo=FALSE, results="hide", message=FALSE-------------------------------
knitr::opts_chunk$set(error=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE)
library(BiocStyle)

## -----------------------------------------------------------------------------
library(celldex)
ls("package:celldex")
HumanPrimaryCellAtlasData(...)

#BlueprintEncodeData(...)
#ImmGenData(...)
#MouseRNAseqData(...)
#DatabaseImmuneCellExpressionData(...)
#NovershternHematopoieticData(...)
#MonacoImmuneData(...)

ref <- HumanPrimaryCellAtlasData()

## ----tabulate, echo=FALSE-----------------------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- BlueprintEncodeData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- MouseRNAseqData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- ImmGenData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- NovershternHematopoieticData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- MonacoImmuneData()

## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))