【scRNA 】自动注释

文件名：Annotation.R
#’ @description：
​#’ 两个参数
#’ species: 物种目前只有两种 人（Human）、鼠（Mouse）
#’ scRNA: 聚类后的Seurat对象
#’ 还可以再增加一个参数，选择是初次注释 还是再聚类之后对免疫细胞的注释

AnnoBySingleR <- function(species,scRNA){
  # 参考数据
  if(species == "Human"){
  refData <- celldex::HumanPrimaryCellAtlasData() # 人类细胞图谱数据
  }else if(species == "Mouse"){
  refData <- celldex::MouseRNAseqData() # 小鼠细胞图谱数据
  }
  # 表达数据
  testData <- GetAssayData(scRNA, slot = 'data') #  normalize之后的数据
  # 聚类数据
  clusters <- scRNA@meta.data$seurat_clusters
  # 自动注释
  cellPred <- SingleR(test = testData,
                      ref = refData,
                      clusters = clusters,
                      labels = refData$label.main,
                      assay.type.test = "logcounts",
                      assay.type.ref = "logcounts")
  # 自动注释细胞类型
  cellType <- data.frame(clusterID = rownames(cellPred),
                         cellType = cellPred$labels,
                         stringsAsFactors = F)
  # 自动注释结果添加到注释信息
  scRNA@meta.data$cellTypeSingleR <- "NA"
  for(i in 1:nrow(scRNA@meta.data)){
    scRNA@meta.data$cellTypeSingleR[i] <- cellType[which(scRNA@meta.data$seurat_clusters[i] ==                                                          cellType$clusterID),"cellType"]
  }
  # return(cellType,scRNA) 报错 R语言只能返回一个对象
  # 可以将多个对象存放在一个列表中一起返回
  return(scRNA)
}