Slingshot：单细胞数据的轨迹推断

猛码先生

已于 2023-12-07 20:31:55 修改

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文章标签： php 开发语言

于 2023-12-07 20:29:01 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46336667/article/details/134861120

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这里不介绍安装，直接介绍seurat如何结合Slingshot进行分析，想要看从头的，可以查看R包官网说明

Slingshot: Trajectory Inference for Single-Cell Data

做轨迹分析前已经有一个经过质控、降维、聚类并且完成注释的 seurat 对象

1、slingshot 接收的是 sce 对象，因此我们首先要构建一个

library(SingleCellExperiment)
library(slingshot)

#-----------------------------------step1 构建SingleCellExperiment对象
#导入seurat对象
load('seurat.Rdata')

#提取标化完后的数据以及细胞名称（一般是2000HVG）
scale.data <- scobj@assays$RNA@scale.data
scale.gene <- rownames(scale.data)

#提取原始count值（2000HVG）
counts <- scobj@assays$RNA@counts
counts <- counts[scale.gene,]

# 将表达矩阵转换为SingleCellExperiment对象
sim <- SingleCellExperiment(assays = List(counts = counts