petSurface处理遇到的问题以及一些解决

官网：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/PetSurfer

参考博客：https://blog.csdn.net/qq_28480795/article/details/117200025

第一步 gtmseg

使用文件

在使用该命令之前，需要使用freesurfer处理T1W图像，而且要求T1W的图像是高质量的。这里使用的T1图像质量是3T。
命令中的

subject

这是一个文件，文件要求是经过t1-freesurfer处理后的t1文件，里面包括mir等一系列文件夹。

使用探讨

在使用这个命令的时候，我是直接在t1的目录里面打开，一直报错：

ERROR: cannot find T1_0143

我就纳闷为什么会报错。然后经过反复实验在发现问题所在：问题在于安装Freesurfer后的SUBJECTS_DIR。
如果按照官方给的文档以及推荐安装位置，那么在打开终端显示的是这个样子：

Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME     /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR    /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR         /usr/local/freesurfer/mni

不管你在哪个目录下输出命令，Freesurfer寻找你的subject永远是在

$SUBJECTS_DIR/你的路径

就好比我上面的输入文件，它就会在

/usr/local/freesurfer/subjects/T1_0143

这个路径下进行寻找，同样找不到文件所以就会报错。
这里提供两个解决方法：
1、（如果只是需要分析文件则不推荐）
将T0001移动到$Freesurfer下。这样做的话移动过去的文件权限：

而且T1_0143里面的文件只有读权限，也需要进行更改权限。这样对文件来说比较安全，但是对于处理就不那么友好了。

2、（只分析文件推荐方法）
这里回到官方给的安装步骤中（以ubuntu 18.0.4 为例，其它系统有对应的）：

## bash
$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
$> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

我们发现并没有给出SUBJECTS_DIR的路径，也就是说SUBJECTS_DIR 的路径是在$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh这个脚本文件中。注意：这里需要进行脚本文件的更改，请使用管理员权限

sudo vim /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh

找到这一行，即是问题所在，这里是我更改过得文件路径（把自己名字抹去，嘿嘿~）

改完之后使用

sh SetUpFreeSurfer.sh

这样做会报个错，但是不用管它。直接关闭终端再重新打开就可以了。
这样的改法一劳永逸，只需要把处理文件放在相应目录下并且不需要更改权限~。但是之后的一些别的需要用到SUBJECTS_DIR的路径会不会报错就不知道了，这个问题是成功解决了。
解决完这个问题，那么我们就可以再脚本或者python语言中使用路径进行petSurface第一步处理了。

PS：之后的第二步中有个检查的步骤，需要用到mri文件下的lh.nii和rh.nii，如果找不到文件，方法如上所示。

输出结果

在mri文件夹下会输出

这三个文件，大概需要一两个小时。

第二步 Register your PET image with the anatomical

命令分析

这个步骤要执行两个命令，第一个命令是产生模板。

mri_convert pet.nii.gz --frame frameno template.nii.gz

这个命令分两种情况（每种情况下具体的命令都不一样，需要结合文档查看）：
1、如果PET是动态数据，那么需要将动态帧创建模板（官方建议进行时间加权平均，在MATLAB中进行）。
2、如果是静态，那么直接创建模板即可。
第二个命令才是:

mri_coreg --s subject --mov template.nii.gz --reg template.reg.lta

这里需要用到第一步产生的模板。为了方便起见，我选择将模板放到pet.nii.gz目录下。

然后是可以进行注册查看，这一步可以不使用官方文档上的命令，当运行完第二步的时候，会在终端打印出查看注册的命令，直接复制即可查看（该图像结果应该是左右半脑的白质+绿红染色）。

第三步 Apply Partial Volume Correction

这一步需要用到第一步产生的 gtmseg.mgz文件和第二步产生的文件，并且输出的文件是在PET_Data文件夹下。

第四步 Kinetic Modeling (KM). KM is done with either MRTM1 or MRTM2. To run MRTM1

这一步是动态PET图像需要进行操作的步骤，如果是PET静态图那么这步可以进行跳过

第五步 组分析

这一步里有需要注意的点：
1、先进行mri_vol2surf命令，产生 lh.mgx.ctxgm.fsaverage.sm00.nii.gz文件
2、由于静态图并没有进行第四步，所以需要进行把所有的文件链接起来，然后表皮平滑，分析。
注意：这里的文件链接，是链接需要分析的不同组。