2021.07.30丨snakemake常见问题汇总（上）

摘要

最近用snakemake搭建了组装流程和WGS流程。有些问题会反复遇到，于是干脆把常见的snakemake问题整理出来，做好记录的同时，希望能帮助大家少走弯路。

问题汇总

1. MissingInputException: Missing input files for rule XXX:

输入文件找不到，请检查config文件里或者脚本引入的样品名称以及rule参与的整个pipe中的文件格式是否有问题（如fastq.gz写成fq.gz,R1/R2没有加R什么的）。报错里面的rule XXX 并不代表该规则有问题，而是这个规则所在的整个pipeline中的某个输入文件名有问题。由于snakemake的结果倒推机制（我自己这么理解并称呼的哈哈），根据rule all里得到的结果去反推整个pipeline,这里报错的应该是该pipe上的第一条rule。

2. SyntaxError in line 28 of /path/to/snakefile: invalid syntax

无效语法，在input或者output中输入两行参数时，末尾需要添加英文的逗号","。或者是删除了第二行参数后，第一行参数后面的逗号没有去掉。

3. SyntaxError in line 25 of /path/to/snakefile: Expected name or colon after rule or checkpoint keyword.

rule 名称后面没有加冒号，需要补充

4. RuleException in line 114 of /path/to/snakefile: NameError: The name ‘XXX’ is unknown in this context. Did you mean ‘wildcards.XXX’?

通配符不能直接放到shell命令行中作为输入或者输出，需要在input/output中定义参数，然后使用{input.xxx}或者{output.xxx}的格式对命令行进行填充

5. Wildcards in input files cannot be determined from output files: ‘XXXXXX’

输入的通配符没有使用expand进行定义和延申

#错误：
rule all:
     "{genome}.fai",
#正确：
rule all:
    expand("{genome}.fai",genome=config["reference"]),

6. Not all output, log and benchmark files of rule trim_galore contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or more jobs write to the same file.

设置输出文件名或者输出文件的时候格式有问题，比如输出文件夹格式为：
directory()
被我简写成了
dir()

7. RuleException in line 113 of /path/to/snakefile: ‘InputFiles’/‘OutputFiles’ object has no attribute ‘xxx’

113行的命令遇到了输入/输出规则中没有定义的参数‘xxx’，大部分情况是设置的参数和写在命令行的参数不一样，包括且不限于（以输入错误为例）：
增删字符

input：
    genome = config["reference"]
shell:
    "samtools faidx {input.geneome}"(增)
    "samtools faidx {input.genom}"（删）

格式有误

input：
    genome = config["reference"]
shell:
    "samtools faidx {input_genome}"(符号错误)

8.TypeError in line 140 of /path/to/snakefile: shellcmd() takes 2 positional arguments but 3 were given

在一个shell中写了两条命令并使用",“分开。一个rule只能有一条被双引号括住的shell命令，如果非要运行多个命令的话，可以在”“命令内使用”;“补充，或者使用管道符号”|"写成一条长命令

9.NameError in line 156 of /path/to/snakefile: name ‘xxx’ is not defined

你使用了一个snakemake没有定义过的参数，很可能是书写错误。

10. IndentationError in line 165 of : unindent does not match any outer indentation level

格式错误，input或者output前面不够4个空格

总结

本次整理了在snakemake运行前常见的十大问题，之后会出下篇，总结运行过程中可能出现的一些问题，欢迎大家进群讨论。遇见二维码过期可添加VX：bbplayer2021 ，备注 申请加入生信交流群。