2021.3.24丨snakemake搭建转录组流程（一）

• 摘要
  • 在公司已经待了一段时间，流程也尝试搭建了几个，但在使用过程中总是会由于项目之间的一些差异导致各种问题。同时由于bash命令看起比较乱，且某一个环节出错，整个封装程序就要全部重跑，导致面对不同项目时维护困难。跟同学一阵业务交流后，他建议我尝试使用Snakemake进行流程搭建。本篇文章将对snakemake进行简单的介绍，并且用质控工具fastqc进行示范，阐述单个命令的搭建方式。
• 简介
  • Snakemake工作流管理系统是生成可重现和可扩展的数据分析的工具，该工作流基于Python语言。 它可以无缝衔接到服务器，群集，网格和云环境，而无需修改工作流程定义。 最后，Snakemake工作流程能够将所需软件将自动部署到任何执行环境中。
• 方法
  • 环境配置
    • python版本：Python 3.8
  • 软件安装
    • conda安装：

    • conda install snakemake

       

• 使用
  • 使用百度搜索snakemake教程，发现他们的内容要么是把官方文档翻译一遍，要么就是一长串代码，一环扣一环，很多细节点没