CNVnator软件安装

CNVnator 简介

       CNV分析里比较常用到的CNVnator，该工具的高精度和高感度受到广泛的欢迎和应用。基于Read-Depth的分析策略，通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV, 源代码保存在github上，网址如下:

https://github.com/abyzovlab/CNVnator

CNVnator安装主要依赖的环境为：root、samtools软件，下面详细介绍各个软件的安装方式；

一、ROOT软件安装方式

注意此root软件并非linux系统root账号，而是root编译软件

安装包下载路径：Release 6.22/08 -Root，直接选择自己系统相关版本的root软件，

本人安装下载的是：root_v6.22.08.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz

ROOT软件安装方式

   1.通过软件:xftp、filezilla ,将下载的安装包上传；

    2.解压：tar -xzf root_v6.22.08.Linux-centos7-x86_64-gcc4.8.tar.gz

    3.将root软件添加到账号的环境变量文件（~/.bashrc），完成ROOT软件安装：

        export ROOTSYS=/Data/Software/root

        export PATH=$PATH:$ROOTSYS/bin

        export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib

二、Samtools软件安装

Samtools软件下载路径：Samtools下载地址；

安装CNVnator过程中尝试过1.14、1.19、1.18版本，均出现报错，故安装1.12版本，推荐大家优先安装1.12,若出现报错版本其他尝试；

Samtools软件安装方式:

    1.通过软件:xftp、filezilla ,将下载的Samtools安装包上传；

    2.解压：tar -xvjf samtools-1.12.tar.bz2

    3.进入解压文件夹：cd samtools-1.14

    4.设置安装参数：./configure --prefix=./samtoolslocation 

    5.编译：make

    6.安装：sudo make install 或 make install

三、CNVnator软件下载、安装方式：

    1.CNVnator软件包下载：

            git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git

    2.进入解压文件

            cd CNVnator

    3.建立Samtools、ROOT软件软连接（此链接非常重要）

            ln -s /path/to/src/samtools samtools

            ln -s /path/to/src/root root

            注意：两个软件的软连接非常重要，如果两个软连接没有创建好，则在编译过程中会出现相关的报错，具体报错请参见本账号另一个文章；

    4.编译

            make

通过上述步骤可完成CNVnator软件的安装，安装完成后可执行软件检测是否已经安装成功；