ggplot2个性可视化monocle2结果

故事起因是一篇文献的monocle分析结果（如下图），这篇文章之前我们公众号还投稿解读过（（读文献）10分单细胞文章就是这么发的）。这个图有几个问题需要实现，首先肯定不是monocle自带函数完成的，其次我们要解决的就是提取monocle数据，在ggplot中实现轨迹和散点的完成，以及添加饼图。这个图其实很有意义，这里可以明确的看出来不同state拟时区间不同样本的比例，对于解释生物学意义很有帮助。

部分内容参考了原作者的函数，一般我们拟时做的几个轨迹图如下：

library(monocle)
#monocle中的可视化函数
plot_cell_trajectory(mouse_monocle, color_by = "Pseudotime")
plot_cell_trajectory(mouse_monocle, color_by = "State")
plot_cell_trajectory(mouse_monocle, color_by = "celltype")

接着，我们将需要的数据全部提取出来，在ggplot中重构这个图：需要做的就是提取数据和ggplot作图，更多精彩请至我的公众号-KS科研分享与服务