PICRUSt2软件

最新推荐文章于 2024-06-07 11:48:20 发布
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PICRUSt2

PICRUSt2(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16S rRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因.

PICRUSt2相关使用方法来啦!!!

一、安装

#使用 bioconda 安装 PICRUSt2 环境

conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2

#激活环境

source activate picrust2

#退出环境

source deactivate picrust2

二、准备数据

PICRUSt2无需再以GreenGene注释的OTU表为输入，可以直接读取OTU的代表序列自动完成物种注释，并进一步根据物种丰度组成预测群落功能。文件otu_table.txt为OTU丰度表格，仅包含丰度组成信息即可，无需添加注释列。文件otu.fasta中包含了OT

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