下载安装包
wget https://github.com/picrust/picrust2/archive/v2.4.1.tar.gz
tar -xzvf picrust2-2.4.1.tar.gz
阅读下安装说明
cat INSTALL.md
根据安装说明安装
conda env create -f picrust2-env.yaml
激活环境
conda activate picrust2
安装phython相关包
pip install --editable .
测试
pytest
一步跑完,-i可以是biom文件,也可以是otu表或者mothur的shared文件。
picrust2_pipeline.py -s otus.fa -i otutab.0.03.biom -o picrust2_out_pipeline -p 32