LAMMPS后处理以及编程技巧

$♡$$♠$《LAMMPS后处理以及编程技巧》$♡$$♠$：

$\text{ 为什么要后处理？}$
在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计，$\text{ 但是可以直接输出的信息非常有限}$，通常需要进行大量的后处理编程统计我们关心的物理量（比如：指定区域的气液界面分子数、晶体生长的晶核大小、纳米气泡的大小，等等）。$\text{ 因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一}$。

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主要专栏内容包括：
$\text{ †《LAMMPS小技巧》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度：$★$）
$\text{ ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}$ 主要介绍采用分子动力学（$Lammps$）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度：$★$$★$$★$）
$\text{ †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}$ 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度：$★$$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}$ 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ †††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}$ 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度：$★$$★$$★$$★$）。
$\text{ ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}$ 主要采用 $\mathrm{Ovito}$软件，对 $\mathrm{Lammps}$ 生成的轨迹文件进行渲染（难度：$★$$★$）。

$\text{ 专栏说明（订阅后可浏览对应专栏全部博文）：}$
$注意：$如需只订阅某个单独博文，请联系博主邮箱咨询。$lammps\_materials@163.com$

$♠$$†$ 开源后处理集成程序：请关注专栏《LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理》
$♠$$†$$†$ 需要付费定制后处理程序请邮件联系：$lammps\_materials@163.com$

$♠$$♠$$Lammps$ 后处理及编程技巧第一次线上分享论坛（$\mathrm{2021.11.20}$）：
$视频链接$（请点击）
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$\mathrm{欢迎关注公众号}:\mathrm{分子模拟}\mathrm{MD}\mathrm{Club}(Mr\_Materials)$

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$建模篇：分子动力学模型快速构建$

$\mathrm{Material}\mathrm{Studio}+\mathrm{Moltemplate}+\mathrm{Packmol}$

1、 建模篇（上）：OPLSAA力场参数之快速建模—MS+Moltemplate

2 、建模篇（下）：力场快速设置-AuToFF+Moltemplate

$案例教学：\mathrm{In}\mathrm{文件}-\mathrm{后处理}-\mathrm{Python}\mathrm{绘图}$

1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

博客: https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/130024616

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$后处理分析-具体内容：$

$提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过\mathrm{MATLAB}进行分析。$
$注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。$

1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建

博客: https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108876629

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2、MATLAB 计算二维云图-接触角

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/109187496

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3、识别固液界面接触原子程序

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/112970511

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4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒

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博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/112055266

5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113442510

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6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/110313460

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7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/114106996

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8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/114413386

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9、LAMMPS识别纳米液滴轮廓-全部轨迹统计平均

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/115043131

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10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/119083348

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11、键序参数—结冰成核识别、融化识别

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/119702983

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12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/120201965

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13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/121422973

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14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/121725359

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15、液滴自驱动的固液界面判断—MATLAB识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/122063457

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16、Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/122227301

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17、纳米压痕接触面积—Matlab接触面积计算（两种方法)

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/122512007

18、不同三角函数下的弯曲石墨烯Matlab生成

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/123039911

19、根据现有结构切割任意函数表面—MATLAB的data定制

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/123511869

20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/123672240

21、Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/124789579

22、Matlab实现反应力场物产统计

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/125729758

23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/126134536

24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/126937309

25、两相界面识别方法

博客：https://mp.csdn.net/mp_blog/creation/success/127795980

26、巧用Ovito：液滴边界轮廓识别

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/131599669

27、气液固三相线识别—Langmuir部分复现

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/132239507

28、冯米塞斯应力（von Mises stress）云图的MATLAB计算方法

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/136801763

29、MATLAB 如何识别多孔结构的孔隙及其大小

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/137570302

30、MATLAB结合C+混编循环计算多孔结构的孔径分布

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/137747767

31、多孔材料拉伸/压缩过程的孔隙体积变化识别

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/138067289

32、Matlab处理聚合物体系将聚合物离散在其质心上

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/138750224

$\mathrm{分子动力学基本分析}$

1、数密度二维云图及一维分布计算

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/140424299

$编程技巧篇:$

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1、Lammps如何大规模循环计算?一个脚本循环不同工况

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108997925?spm=1001.2014.3001.5501

LAMMPS如何抢占资源，循环计算？

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在计算资源有限的情况下，常常因为一个任务结束而排不上队。那么在计算lammps过程中如何通过脚本循环计算不同的in文件呢？
比如我要计算不同工况下，如温度不同。观察一物理量的变化：
假设有100,200,300,400,500,600,700,800.
8个温度变化，我想写入不同的文件夹。
具体实现的功能：
1、分别创建文件夹。
2、并将需要的data文件和势能函数文件复制进不同的文件夹里。
3、计算-并在不同的文件夹写出结果。**

2、Matlab循环处理dump文件、自动写出、并关机

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/108813764?spm=1001.2014.3001.5501

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长时间，多次循环dump，自动写出、关机
循环5个文件夹 -> 每个文件夹6个文件 -> 分别计算每一个文件数据分析 -> 创建新的文件夹 -> 并写出结果excel
-> 报道计算时间-> 关机！

3、Matlab定制data文件

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113812350

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通常生成的data文件，比如从MS获得或者其他方式。data的键、角度、二面角等，有时不正确，或者我们自己要增加一些东西。采用Matlab首先读取data文件，其次根据需求改写并写出。

4、如何根据lattice准确create原子数，定制data文件

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博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/115866205

为了使得初始模型更加稳定，如何根据lattice，并设置region，采用create_atom命令准确创建原子（气、液体）的Matlab程序，定制data文件

5、LAMMPS 中 molecule command 的分子模板

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博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/104443175

6、LAMMPS轨迹文件读取脚本

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$\mathrm{采用}\mathrm{MATLAB}、\mathrm{Python}\mathrm{以及}\mathrm{C}++\mathrm{读取}\mathrm{LAMMPS}\mathrm{轨迹}$

1. c++脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/104686674

2. Python 脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/113812304

3. MATLAB脚本读取轨迹

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/108943190

$\mathrm{Lammps}体系轨迹分析系列：$

1、温度分析—LAMMPS V.S MATALB

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/115869221

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2、数密度分析（300K下Ar）—LAMMPS V.S MATALB

博客：https://editor.csdn.net/md/?articleId=117092618

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3、均方位移 MSD—LAMMPS V.S MATALB

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/123761337

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4、速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/125210905

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5、Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/120090693

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$\mathrm{实验数据分析}-\mathrm{Matlab}后处理：$

1、批量处理实验接触角数据-MATLAB分析

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/125488134

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2、实验电镜距离测量之Matlab处理

博客：https://rockyyoung.blog.csdn.net/article/details/125502113

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3、Matlab根据实验照片制作视频

博客：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/127704546

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