单细胞（10Xgenomics）测序学习1

单细胞数据的下载：
首先在文章中找到其提供的GEO号，然后在GEO数据库中查找一下。如下所示：

在图中我们可以看到，最下面的（http）是用于下载文章中别人处理好的数据（表达矩阵），上面的 Rations的 SRA 是SRA数据库，用于将SRA数据分开下载。由Samples中可以看出，文章将数据分为三类。
点击SRA那个SRP339472

可以看到三类共5个数据，测序数据非常的大。
这里要强调一下，单细胞测序有两种:
1、smart-seq2，主打基因数量
2、10X Genomics，主打细胞数量

我这里下载的数据是 10X Genomics 的，文章链接：、
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35118670/
本文点击最后一个链接：



这里两个链接都可以使用，接下来，我们回到服务器中，使用prefetch工具下载，拿到一个新的Linux服务器，我们需要安装 conda ，然后用 conda 安装 sra-tools ，然后使用 prefetch 下载：

$prefetch SRR16127055

还有一种方案就是，将刚刚的链接：

$prefetch https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra73/SRR/015749/SRR16127055

接下来就是开始使用 RNA-seq 流程进行上游分析