MitoZ|Multi-Kmer mode

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于 2021-08-05 16:15:42 发布

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分类专栏：生物信息文章标签：生物信息学

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本文介绍如何在MitoZ的quickmode遇到PCG识别不足时，切换到multi-Kmermode，需准备特定输入文件如基因组序列、PCG编码文件和高通量比对结果。通过示例命令展示了如何运行并获取outprefix.multiKmer_seq_picked.clean.fa输出。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、什么情况下运行Multi-Kmer mode

当使用MitoZ的quick mode（–run_mode 2），有一些蛋白质编码基因（PCGs）未找到，可以尝试一下multi-Kmer mode(–run_mode 3)。

二、输入文件

在运行该模式前，需要准备好quick mode生成的几个文件作为输入文件，包括：

work71.hmmout.fa 或 quickMode.fa，提供的fasta文件中要含有您的样品的正确的线粒体基因组序列。
要手动创建一个.txt文件，里面描述了在某条序列上编码着哪些PCGs，格式：
seqid1 PCG1 PCG2
seqid2 PCG3
work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.fa
work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.high_abundance_*X.reformat.sorted

三、示例

$ python3 MitoZ.py all2 --genetic_code 5 --clade Arthropoda --outprefix test \
--thread_number 12 --fastq1 clean.1.fq.gz --fastq2 clean.2.fq.gz \
--fastq_read_length 150 --insert_size 250 \
--run_mode 3 \
--filter_taxa_method 1 \
--requiring_taxa 'Arthropoda' \
--quick_mode_seq_file quickMode.fa \
--quick_mode_fa_genes_file quick_mode_fa_genes.txt  \
--missing_PCGs ND4L ND6 ND2 \
--quick_mode_score_file work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.high_abundance_10.0X.reformat.sorted  \
--quick_mode_prior_seq_file work71.hmmtblout.besthit.sim.filtered.fa

在这里插入图片描述
输出的结果文件为outprefix.multiKmer_seq_picked.clean.fa，保存在outprefix.assembly2文件夹下。