scvelo and velocyto

Sam Morabito | RNA velocity analysis with scVelo (smorabit.github.io)https://smorabit.github.io/tutorials/8_velocyto/

Trajectory Analysis using 10x Genomics Single Cell Gene Expression Data - 10x Genomicsicon-default.png?t=N2N8https://www.10xgenomics.com/resources/analysis-guides/trajectory-analysis-using-10x-Genomics-single-cell-gene-expression-data 

Hi, I have a question that may be pretty elementary but I am confused about what's the difference between scvelo and velocyto as packages that analyze RNA velocity? I've looked at some of the questions posted in github and it seems that the workflow is something like:

1) Generate loom file from velocyto

2) Get embeddings from Seurat

3) Merge them together in scvelo

If this is the case, then is velocyto a dependency of scvelo? Or are they separate packages doing different things? Any guidance would be appreciated, thanks!

============

elocyto was the original package (there is a python- and an R version) that implemented the idea of RNA velocity by La Manno et al.

scvelo is an independent tool/framework from the Theis lab that implemented new ideas and further developed the method based on the concepts of RNA velocity.

Neither tool depends on each other from an operational standpoint, afaik.

The input files are the matrices of spliced- and unspliced counts per gene and cell. One can project the velocity estimates onto an embedding, that is true.

Does that make sense to you?

### 回答1: 在Spring Boot中使用@RequestBody注解可以接收json字符串作为参数。例如: ``` @RestController public class ExampleController { @GetMapping("/example") public String example(@RequestBody String json) { // 处理json字符串 return "处理完成"; } } ``` 这样,在发送GET请求时传递json字符串,就可以在方法中使用json变量获取该字符串了。 或者,可以将json字符串映射到Java对象,例如: ``` @RestController public class ExampleController { @GetMapping("/example") public String example(@RequestBody MyModel model) { // 处理model对象 return "处理完成"; } } ``` 在这种情况下, json字符串将被映射到MyModel类型的对象。 ### 回答2: 在Spring Boot中使用Get请求接收JSON字符串的方式有多种方法。 一种常用的方式是使用@RequestParam注解,将需要接收的参数以键值对的形式传递到方法中。首先需要定义一个请求处理方法,并在参数上添加@RequestParam注解,指定要接收的参数名。示例如下: @RequestMapping(value = "/example", method = RequestMethod.GET) public String exampleMethod(@RequestParam("jsonStr") String jsonStr) { // 对接收到的JSON字符串进行处理 // 返回响应结果 } 另一种方式是使用@PathVariable注解,将参数直接作为路径的一部分进行传递。示例如下: @RequestMapping(value = "/example/{jsonStr}", method = RequestMethod.GET) public String exampleMethod(@PathVariable("jsonStr") String jsonStr) { // 对接收到的JSON字符串进行处理 // 返回响应结果 } 这样,当发送Get请求时,例如:/example/{jsonStr}?jsonStr={"key":"value"},Spring Boot会自动将路径中的jsonStr参数的值解析为一个字符串并传递给方法。 除了以上两种方式,还可以使用@RequestBody注解将JSON字符串直接映射为一个对象,示例如下: @RequestMapping(value = "/example", method = RequestMethod.GET) public String exampleMethod(@RequestBody ExampleModel exampleModel) { // 对接收到的JSON字符串进行处理 // 返回响应结果 } 需要注意的是,在这种情况下,需要在请求头中指定Content-Type为application/json。这样Spring Boot才能正确地将请求体中的JSON字符串解析成对应的对象。 总的来说,以上是几种在Spring Boot中使用Get请求接收JSON字符串的常用方法。根据具体情况选择合适的方式进行处理。 ### 回答3: 在Spring Boot中,我们可以使用GET请求接收JSON字符串,具体操作如下: 首先需要在Controller中创建一个接收GET请求的方法,并使用`@RequestMapping`注解指定请求路径和请求方法类型为GET。 ```java @Controller @RequestMapping("/api") public class ApiController { @GetMapping("/json") @ResponseBody public String getJson(@RequestParam("jsonStr") String jsonStr) { // 处理接收到的JSON字符串 // 返回处理结果 return "处理结果"; } } ``` 在上述代码中,`@GetMapping`注解指定了接口路径为`/api/json`,并且使用了`@RequestParam`注解来接收GET请求中名为`jsonStr`的参数,参数类型为String。 在方法体中,我们可以对接收到的JSON字符串进行处理,并根据业务需求返回处理结果。 最后,需要加上`@ResponseBody`注解来将返回值直接作为响应内容返回给客户端。 在发送GET请求时,也需要将参数拼接到URL中,例如:`http://localhost:8080/api/json?jsonStr={"name":"Tom","age":18}`。 这样,当客户端发送GET请求时,会将JSON字符串作为参数传递给Controller的`getJson()`方法,然后方法会对JSON字符串进行处理,并返回处理结果给客户端。 总结起来,Spring Boot可以使用GET请求接收JSON字符串,需要在Controller中创建对应的接口方法,并使用`@RequestParam`注解来接收GET请求中的参数。
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