自己构建orgdb包

这篇博客详细介绍了如何利用R语言中的tidyverse和clusterProfiler包,结合gene_info和gene2go2数据,通过AnnotationForge::makeOrgPackage函数构建自定义的orgdb包,并最终使用pkgbuild::build和install.packages进行打包与安装。主要步骤包括数据清洗、过滤、字段选择以及注释处理。
摘要由CSDN通过智能技术生成

运用软件:Rstudio

运用的软件包:tidyverse、clusterProfiler(4.6.1以上)

library(readr)
library(tidyverse)
library(clusterProfiler)

emapper <- read_delim("E:/转录/workspace/cds1.emapper.annotations",
                      delim = "\t", escape_double = FALSE,
                      trim_ws = TRUE)

emapper <- dplyr::select(emapper,
                         GID = 'query',
                         SYMBOL = "Preferred_name",
                         GO = "GOs",
                         KO = "KEGG_ko",
                         Pathway = "KEGG_Pathway",
                         Gene_Name = "PFAMs")
gene_info <- dplyr::select(emapper,GID,Gene_Name,SYMBOL) %>%
  dplyr::filter(!is.na(Gene_Name)) %>%
  dplyr::filter(!is.na(SYMBOL))
gene_info$GID <- str_spli

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