构建好了orgDB包,我们如何做GO富集,并画图。

这篇博客展示了如何使用R语言的clusterProfiler、tidyverse等库,结合org.Ji.eg.db和org.Gg.eg.db数据包,进行基因差异表达分析,并通过barplot、dotplot和cnetplot进行富集分析结果的可视化。
摘要由CSDN通过智能技术生成

library(readr)
library(tidyverse)
library(org.Ji.eg.db)
library(org.Gg.eg.db)
library(clusterProfiler)
TTGvsCON <- read_delim("E:/文件下载/橡胶 割胶 乙烯利/TTG-vs-CON-diff-q-val-0.05-FC-2.gene (2).xls", 
                                                      delim = "\t", escape_double = FALSE, 
                                                      trim_ws = TRUE) %>%
  dplyr::select(id = gene_id,log2FoldChange = log2FoldChange,
                qvalue = "q-value") %>%
  filter(abs(log2FoldChange)>2 & qvalue <0.01) %>%
  pull(id)


TTGvsAVG1 <- read_delim("E:/文件下载/橡胶 割胶 乙烯利/TTG-vs-AVG-diff-q-val-0.05-FC-2.gene.xls", 
                                                   delim = "\t", escape_double = FALSE, 
                                                   trim_ws = TRUE) %>%
  dplyr::select(id =

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