R包inferCNV安装

已于 2023-03-24 15:27:51 修改
阅读量1.4k 收藏 1
点赞数 3
文章标签： python linux 深度学习
于 2023-03-24 15:26:43 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_73470973/article/details/129751697
版权
文章介绍了如何在Linux系统中通过conda安装rjags包，包括先安装JAGS库并跳过路径配置步骤。在Windows系统中，步骤包括下载JAGS，设置环境变量JAGS_HOME，然后使用R的BiocManager安装rjags。文章提供了详细的安装命令和过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Linux系统：

首先安装r包：rjags；但是这个时候会报错，所以先安装JAGS库，

conda install -c conda-forge jags安装完成后其他博主说需要配置路径，

我这里没有配置路径而是直接使用conda安装

conda install -c conda-forge r-rjags

直接成功搞定！

window系统：

很好安装！先下载JAGSwindow版本，安装完成后在R窗口输入：

Sys.setenv(JAGS_HOME="D://JAGS") 

再安装rjags：

BiocManager::install("rjags",force = T)

library(rjags）

最后，

#BiocManager::install("infercnv")

搞定！！

本文借鉴其他博主的思路，仅供参考！！

云淡风轻丷
关注
  • 3
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 2
    评论
infercnv安装全流程（包含jags等所有踩坑指南）
weixin_54709098的博客
06-05 657
在slurm服务器安装infercnv过程中，会遇到rjags, LAPACK library, openblas相关bug，以下为安装全流程。遇到报错 configure: error: "You need to install the LAPACK library"再重新进行前面的jags安装部分，安装好之后，conda安装rjags。
生信R包安装
baidu_38679951的博客
08-29 976
infercnv, 需要先安装JAGS JAGS手动安装失败 conda install jags 进入R环境 install.packages("rjags") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("infercnv") # test library(infercnv) ...
infercnv安装遇到的问题
weixin_56845253的博客
05-08 508
infercnv安装遇到的问题
inferCNV包安装问题及解决办法
m0_51042606的博客
10-04 5316
InferCNV是一个由broad研究所开发的，利用单细胞转录组数据分析肿瘤细胞拷贝数变异（CNV）的工具。基本思路是在整个基因组范围内，通过计算肿瘤细胞关于参考的“正常”细胞的相对表达，利用滑窗思想对邻近的基因相对表达，计算拷贝数。 先贴一个官方安装说明： 官方infercnv安装说明 安装infercnv包： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager:
Windows-安装infercnv包（自备）
hx2024的博客
03-31 529
一定注意版本需要与R适配。
infercnv中rjags或jags包安装问题及解决办法(windows演示)
chenglezclk的博客
11-19 3875
通过解析报错发现，它似乎提到"rjags is only an interface" ，引导你去下载JAGS，这个故事告诉我们rjags只是R语言的一直表面引导方式，真正的。MAC和LINUX下载rjags和infercnv坑比较少，前者可以brew install jags（我本人没试过），当然也可以用本文的方法。当选择第一个 install for anyone using this computer的时候，其会默认装在。注意R语言中的斜杠 \ 和windows中的 / 是相反的！
infercnv:从单细胞RNA序列推断CNV
05-01
请访问项目以获取InferCNV文档。
infercnvpy：从scRNA-seq数据推断拷贝数变异（CNV）。 与Scanpy完美搭配
02-07
infercnvpy：Scanpy插件可从单细胞转录组学数据推断拷贝数变异（CNV） Infercnv是可扩展的python库，用于从单细胞转录组学数据推断出拷贝数变异（CNV）事件。 它受InferCNV的启发，但是与很好，并且可伸缩性更高。 警告： 该软件包仍处于实验阶段。 该结果未经验证，只是它们看起来与InferCNV的结果相似但不相同。 我们很高兴收到反馈，欢迎您提供帮助！ 入门 请参考。 特别是 和 。 安装 您需要在系统上安装Python 3.8或更高版本。 如果您没有安装Python，建议您安装 。 安装infercnvpy的方法有几种： 从安装最新版本的infercnvpy： pip install infercnvpy 安装最新的开发版本： pip install git+https://github.com/icbi-lab/infercnvpy.gi
使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异
xuzhougeng blog
11-22 6796
inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copy number alterations, CNA), 例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失(gain or deletions)。工作原理是，以一组"正常"细胞作为参考，分析肿瘤基因组上各个位置的基因表达量强度变化. 通过热图的形式展示每条染色体上的基因相对表达量，相对于正常细胞，肿瘤基因组...
如何改造inferCNV的热图1
08-04
inferCNV热图的生成主要依赖于ComplexHeatmap包。ComplexHeatmap是一款功能强大的热图生成工具，提供了多种热图样式和自定义选项。inferCNV的热图生成可以通过infercnv::run函数实现，该函数可以生成高质量的热图。 ...
JAGS: Just Another Gibbs Sampler-开源
04-18
JAGS是另一个Gibbs采样器。 它是由Markov Chain Monte Carlo对贝叶斯层次模型进行统计分析的程序。
runjags:“ runjags” R软件包和独立的JAGS扩展模块-开源
04-29
该软件包通过Just Just Gibbs Sampler（JAGS）为MCMC模型提供了高级接口实用程序，从而促进了对多条链使用并行（或分布式）处理器，对收敛和样本长度诊断进行自动控制以及对AMC的性能进行评估。使用drop-k验证或对模拟数据进行建模。 可以使用标准的lme4样式公式界面生成模板模型规范，以帮助不太熟悉BUGS语法的用户。 JAGS扩展模块提供了其他发行版，包括Pareto发行版系列，DuMouchel优先版和Half-Cauchy优先版。
scTyper:scTyper
04-01
在scTyper中还实现了经过改进的DNA拷贝数推断方法（inferCNV），该方法可用于恶性细胞的分型。 该软件包还支持来自10X Genomics的Cell Ranger的数据预处理管道。 还实现了用于分析摘要的报告系统，该系统可以促进...
通过整合体细胞突变，拷贝数变异和基因表达数据鉴定突变的核心癌症模块
04-14
动机：了解癌症的分子机制是有效诊断和治疗癌症患者的重要步骤。 借助大规模癌症基因组计划的大量数据，一个开放的挑战就是要从驱动体突变，途径和基因集（或核心模块）中区分出导致癌症形成和发展的驱动因子突变，...
加载infercnv报错“../JAGS/modules-4/basemod.so”
最新发布
woodman的专栏
04-08 377
2，调用conda 环境报错，显然是路径问题，通过GPT、谷歌查找，使用下面两条命令，一、 Plantform。系统：Rocky 9。二、Schedule。
infercnv hpc东南服务器 .libpath 最终使用monocle2环境安装
生信小博士的博客
10-31 412
【代码】infercnv hpc东南服务器 .libpath 最终使用monocle2环境安装。
贝叶斯统计学习笔记|Bayesian Statistics|R rjags package安装经验
MIAY0106的博客
10-10 7878
贝叶斯统计学习笔记|Bayesian Statistics|R rjags package安装经验 【Windows系统】 R version：4.1.1 JAGS下载网址：https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/ Manuals里有安装说明（当然如果本小白看得懂也不至于耗一晚上才装完） 依次点击JAGS -> 4.x -> Windows -> JAGS 4.3.0.exe (根据你安装的R版本选择下载的JAGS版本) 下载完JA
SCS【16】从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化 (inferCNV)
weixin_41368414的博客
12-03 1090
点击关注，桓峰基因今天来说说从肿瘤单细胞RNA-Seq数据中推断拷贝数变化，学会这些分析结果，距离发文章就只差样本的选择了，有创新性的样本将成为文章的亮点，并不是分析内容了！单细胞生信分析教程桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进...
R语言inferCNV安装
09-11
为了在R语言中安装inferCNV包，你需要执行以下步骤： 1. 首先，确保你已经安装了BiocManager包。如果没有，你可以使用以下命令来安装它： ```R if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") ``` 2. 接下来，你需要使用BiocManager包来安装inferCNV包。使用以下命令来安装inferCNV包： ```R BiocManager::install("infercnv") ``` 3. 如果在安装inferCNV包时遇到了报错，可能是因为inferCNV包依赖于rjags包，而rjags包又依赖于JAGS库文件。你可以按照以下步骤解决这个问题： a. 首先，你需要下载JAGS库文件。你可以从链接https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags下载JAGS。 b. 安装下载好的JAGS库文件。 c. 然后，在R中安装rjags包。使用以下命令来安装rjags包： ```R if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rjags") ``` 4. 如果你在安装过程中遇到任何问题，你可以参考inferCNV的官方文档或者在相关论坛或社区中寻求帮助。
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值